在职务犯罪案件中，即使犯罪嫌疑人已经被逮捕，相关部门仍然可能会收缴违纪款。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律基础与原则：

   • 根据我国相关法律，职务犯罪往往伴随着违纪违法所得。这些所得，无论是直接还是间接获得的，都应当被依法追缴。逮捕只是刑事诉讼程序中的一个环节，它并不影响对违纪违法所得的追缴工作。
   • 追缴违纪款是维护法律尊严、保障社会公平正义的重要举措。它有助于剥夺犯罪嫌疑人的非法利益，防止其从犯罪中获利，同时也对其他潜在犯罪者起到警示作用。

2. 追缴程序与时机：

   • 追缴违纪款通常会在刑事诉讼过程中进行，但并不意味着必须等到案件审理结束。在侦查阶段，如果证据充分，相关部门就可以依法对违纪款进行查封、扣押或冻结。
   • 逮捕后，侦查机关会继续收集证据，查明犯罪事实。在这个过程中，如果发现犯罪嫌疑人有违纪违法所得，会依法进行追缴。即使案件尚未审结，追缴工作也可以并行进行。

3. 追缴与定罪量刑的关系：

   • 追缴违纪款并不直接决定犯罪嫌疑人的定罪量刑。定罪量刑主要依据犯罪事实、性质、情节以及社会危害程度等因素。
   • 然而，追缴违纪款可以作为犯罪嫌疑人认罪态度、悔罪表现的一个参考因素。如果犯罪嫌疑人积极退赃，可能在一定程度上减轻其刑事责任。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在追缴违纪款过程中，必须严格依法进行，确保程序合法、手续完备。任何违法违规的追缴行为都可能损害犯罪嫌疑人的合法权益，也可能影响案件的公正处理。
   • 犯罪嫌疑人及其家属应积极配合追缴工作，如实提供相关信息和财产情况。如果隐瞒、转移或变卖违纪款，将可能面临更严重的法律后果。

建议：

• 如果您或您身边的人涉及职务犯罪案件，且担心违纪款被追缴的问题，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），了解相关法律程序和权利义务。
• 在案件处理过程中，保持与侦查机关、检察机关的沟通，积极配合调查工作，如实提供相关信息和证据。
• 如果认为追缴行为存在违法违规情况，可以依法提出申诉或控告，维护自身合法权益。