结论：职务犯罪中，纪委是否会把借的钱算成违法违纪款，这并非一个简单的是非问题，而是需要根据借款的具体情况、性质以及相关法律法规来综合判断。
分析角度一：借款的性质与用途
正常借款：如果借款是基于正常的民事法律关系，比如个人之间的借贷，且借款用途合法、合理，没有违反党纪国法，那么这样的借款通常不会被纪委认定为违法违纪款。例如，你因家庭突发情况需要资金，向朋友借款并按时归还，这种情况下的借款就是正常的民事行为。
利用职务之便借款：如果你利用职务上的便利，以借款为名行受贿之实，或者借款后长期不还，且没有合理的还款计划或能力，同时借款行为与你的职务行为存在关联，那么这样的借款就可能被纪委认定为违法违纪款。比如，你作为公职人员，向管理服务对象借款，并利用职务之便为其谋取利益，这就构成了受贿行为，借款也就成为了违法违纪的赃款。
分析角度二：相关法律法规的规定
党纪规定：根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，党员领导干部利用职务上的便利，占用公物归个人使用，时间超过六个月，情节较重的，或者违反有关规定组织、参加用公款支付的宴请、高消费娱乐、健身活动，或者用公款购买赠送、发放礼品等行为，都可能受到党纪处分。虽然这些规定没有直接提及借款，但如果借款行为与这些规定中的行为性质相似，或者借款行为违反了党纪中的其他相关规定，那么借款也可能被认定为违法违纪。
国法规定：从国家法律层面来看，如果借款行为构成了受贿、贪污等犯罪行为，那么借款就成为了犯罪所得，必然会被认定为违法违纪款。例如，《中华人民共和国刑法》第三百八十五条规定，国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物的，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的，是受贿罪。如果你以借款为名收受他人财物，并为他人谋取利益，那么这就构成了受贿罪，借款也就成为了违法所得。
建议与后果：
建议：如果你面临职务犯罪的调查，且涉及借款问题，我建议你积极配合纪委的调查工作，如实说明借款的情况、性质以及用途。同时，你也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
后果：如果借款被认定为违法违纪款，你可能会面临党纪处分、政务处分甚至刑事处罚。党纪处分可能包括警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等；政务处分可能包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等；如果构成犯罪，你还可能面临有期徒刑、无期徒刑甚至死刑等刑事处罚。
综上所述，职务犯罪中纪委是否会把借的钱算成违法违纪款，需要根据具体情况来判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。