针对您目前的情况，即已与公司协商经济问题后仍被起诉侵占罪，以下是详细的处理建议：

1. 立即核实起诉内容与证据

   • 首先，您需要获取公司正式提交的起诉状副本，明确指控的具体事实、法律依据及所涉金额。
   • 仔细审查公司提供的证据材料，包括但不限于合同、转账记录、沟通记录等，评估其真实性和关联性。
   • 关键点：若公司证据存在瑕疵或指控与事实不符，您可在应诉时提出有力反驳。

2. 区分民事纠纷与刑事犯罪

   • 民事纠纷：若双方争议本质是经济赔偿或合同履行问题，且无非法占有目的，通常属于民事范畴。您可主张双方已协商或正在协商，请求法院驳回刑事指控。
   • 刑事犯罪（侵占罪）：需满足“将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大且拒不退还”的要件。若您无故意侵占意图，或已积极协商退还，可据此抗辩。
   • 行动建议：整理协商记录、还款计划等证据，证明您无犯罪故意且已采取补救措施。

3. 积极应诉，准备抗辩理由

   • 抗辩方向1：无非法占有目的
     强调您与公司协商的诚意，提供聊天记录、邮件等证明您始终承认债务并愿意解决。
   • 抗辩方向2：证据不足或事实错误
     若公司指控的金额、时间或财物性质与实际不符，需逐一反驳并提供反证（如银行流水、证人证言）。
   • 抗辩方向3：已履行或部分履行义务
     若您已退还部分款项或达成还款协议，可主张刑事指控缺乏必要性。

4. 考虑和解或调解

   • 若刑事程序已启动，您仍可与公司协商和解。若公司同意撤诉，需签订书面协议并履行完毕，避免后续纠纷。
   • 注意：和解需在律师协助下进行，确保条款合法有效且不损害自身权益。

5. 寻求专业法律帮助

   • 侵占罪属于刑事案件，后果严重（可能面临刑罚），建议您尽快委托刑事辩护律师介入。
   • 律师可协助分析案情、制定辩护策略、与检察院沟通争取不起诉或缓刑等从宽处理。

总结：您需立即行动，核实起诉内容、区分纠纷性质、准备抗辩证据，并优先考虑和解或委托律师辩护。刑事指控非同小可，务必严肃对待，避免因延误或处理不当导致不利后果。如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询。