在二次上诉（通常指二审程序）中男方不出庭的情况下，关于两个孩子的抚养权判决，核心结论取决于孩子的年龄、双方抚养条件、孩子意愿（若已达一定年龄）及法院对最佳利益原则的考量。以下是具体分析：

1. 法院可缺席审理并判决
   根据《民事诉讼法》第147条，被告经传票传唤无正当理由拒不到庭的，法院可缺席审理。在抚养权纠纷中，即使男方不出庭，法院仍会基于女方提交的证据（如经济能力、抚养环境、孩子生活现状等）及男方此前可能提交的答辩材料（如有）进行综合判断。

2. 判决核心原则：儿童最佳利益
   法院会优先考量孩子的身心健康和成长需求，具体包括：

   • 年龄因素：
     
     • 2周岁以下原则上归母亲（除非母亲有严重不利于抚养的情形）；
       
     • 8周岁以上法院会尊重孩子个人意愿（需孩子能清晰表达真实想法）；
       
     • 2-8周岁则综合双方条件判断。
       
   • 抚养条件：包括经济能力、居住环境、教育资源、陪伴时间、父母品行等。例如，若女方能证明男方长期缺席孩子成长或存在不良嗜好（如赌博、家暴），可能成为判决的有力依据。
     
   • 稳定性原则：法院倾向于维持孩子现有的生活状态，避免因抚养权变更造成心理冲击。

3. 男方不出庭的影响
   男方缺席可能被视为放弃答辩权，但法院不会因此直接剥夺其抚养权。若男方此前未提交证据或未提出合理抚养方案，女方若能充分证明自身抚养优势，法院更可能将孩子判归女方。但若男方虽未出庭，但此前已提交证据证明其抚养条件更优（如稳定收入、亲属协助抚养等），法院仍会客观审查。

4. 特殊情形：男方存在法定不宜抚养情形
   若男方有严重疾病、虐待孩子、吸毒、赌博等恶习，或因犯罪被监禁等，法院可直接判决孩子归女方抚养，即使男方出庭反对。

建议：

• 女方应重点收集自身抚养优势的证据（如收入证明、陪伴记录、学校沟通记录等）及男方不利抚养的证据（如缺席证明、不良行为记录等）；
  
• 若孩子已达8周岁，可提前与孩子沟通，了解其真实意愿（但需注意方式，避免对孩子造成心理压力）；
  
• 即使男方不出庭，仍建议通过律师向法院提交书面答辩意见，强化己方立场。
  

如有进一步细节（如孩子年龄、双方经济状况等），可向我补充说明，我会结合具体情形为您分析。