结论：合同总金额被罚款后，发票是否仍需按合同总金额开具，需分情况讨论，具体如下：

1. 罚款性质为违约金或赔偿金，且与合同价款独立结算
   若罚款是因一方违约（如延迟交货、质量不达标等）产生的违约金或赔偿金，且合同明确约定该罚款与合同价款分开支付（例如：买方支付合同价款后，卖方另行支付罚款），则发票开具应遵循以下原则：

   • 合同价款部分：卖方仍需按合同总金额开具增值税发票（如专票或普票），买方凭此抵扣进项税或作为成本入账。
     
   • 罚款部分：若罚款属于“价外费用”（如合同约定违约金需由违约方支付给守约方），则卖方需就罚款部分单独开具发票，税目可能为“其他应收款”或按业务性质选择（如服务费）。若罚款不涉及增值税应税行为（如纯粹赔偿损失），则无需开具发票，但需留存合同、判决文书等证明材料备查。

2. 罚款直接从合同价款中扣除（如折价结算）
   若双方协商一致，将罚款直接从合同总金额中扣除（例如：原合同价100万，因质量问题扣10万，实际支付90万），则发票开具需按实际结算金额（即90万）开具。此时需注意：

   • 合同需明确约定“价款扣除”条款，避免后续争议；
     
   • 卖方需确保发票金额与实际收款一致，否则可能涉嫌虚开发票（如按100万开票但仅收90万）；
     
   • 买方需按实际支付金额（90万）入账，并留存扣款依据（如质量检测报告、双方确认函）。

3. 罚款属于行政处罚（如税务、市场监管部门罚款）
   若罚款是行政机关对一方违法行为的处罚（如偷税罚款、虚假宣传罚款），则该罚款与合同价款无关，属于“非经营性支出”。此时：

   • 被处罚方（如卖方）需自行承担罚款，不得将罚款转嫁至合同价款中；
     
   • 发票开具仍按合同总金额进行，罚款部分由行政机关开具《非税收入一般缴款书》，无需交易对方参与。

实务建议：

• 合同中应明确约定罚款的性质（违约金/赔偿金/行政处罚）、计算方式及支付流程，避免模糊表述；
  
• 发票开具前，双方需核对实际结算金额，确保“票、款、合同”一致；
  
• 若涉及跨期调整（如已按合同金额开票后发生扣款），需通过红字发票或补充协议处理，并留存完整证据链。
  

如有具体合同条款或罚款类型需进一步分析，可直接向我提供细节，我会结合案例为您详细解答。