结论前置：取保候审保证金在特定情况下可能不予退还，主要包括被取保候审人违反刑事诉讼法规定、故意重新犯罪以及法院判决认为保证金应抵扣为罚金或赔偿等费用的情况。

一、被取保候审人违反刑事诉讼法规定

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第七十一条的规定，被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人应当遵守以下规定，若违反，已交纳的保证金可能被部分或全部没收：

1. 未经批准不得离开所居住的市、县：擅自离开将破坏监管机制，执行机关有权决定没收部分或全部保证金。
2. 住址、工作单位和联系方式变动需及时报告：未在规定时间内报告，可能影响案件的正常处理，进而导致保证金被没收。
3. 传讯时需及时到案：无正当理由拒不到案将破坏取保候审制度的严肃性，执行机关可根据情节轻重决定没收保证金。
4. 不得干扰证人作证：通过威胁、引诱、贿买等方式干扰证人作证，将严重影响案件事实的查明，执行机关有权没收保证金。
5. 不得毁灭、伪造证据或串供：实施此类行为将严重妨碍司法公正，导致保证金被没收。

举例说明：若被取保候审人在取保候审期间未经批准擅自离开所居住的市、县，且未在规定时间内报告住址变动，同时在传讯时无正当理由拒不到案，这些行为均违反了刑事诉讼法的规定，执行机关有权决定没收其已交纳的保证金。

二、故意重新犯罪

被取保候审人在取保候审期间故意重新犯罪，不仅会导致保证金被没收，还会根据具体情况变更强制措施，如重新进行羁押等。过失重新犯罪或不构成犯罪的，则应当退还保证金。

举例说明：若被取保候审人在取保候审期间因故意伤害他人而被重新立案侦查，这一行为不仅违反了取保候审的规定，还构成了新的犯罪，因此其已交纳的保证金将被没收。

三、法院判决认为保证金应抵扣为罚金或赔偿等费用

如果法院最终判决认定被告人构成犯罪，那么已交纳的保证金可能会被用作罚金或赔偿等费用的抵扣。若法院判决被告人不构成犯罪，则保证金应全额退还给被告人。

举例说明：若被取保候审人因涉嫌盗窃罪被取保候审，最终法院判决其构成盗窃罪，并判处一定数额的罚金，此时其已交纳的保证金可能会被用作罚金的抵扣。若法院判决其不构成犯罪，则保证金应全额退还。

四、保证金退还与领取流程

被取保候审人在取保候审期间严格遵守各项规定的，取保候审结束时，可凭解除取保候审的通知或有关法律文书到银行领取退还的保证金。具体流程包括：

1. 执行机关在作出解除取保候审决定后，应书面通知银行如数退还保证金。
2. 犯罪嫌疑人、被告人直接前往指定银行领取保证金。
3. 若决定退还保证金，需经过严格审核，并报县以上公安机关负责人批准，签发《退还保证金决定书》。
4. 制作退还保证金通知书，在三日内送达被取保候审人或其法定代理人、近亲属，并通知指定银行将保证金如数退还，由收款人在《退还保证金决定书》上签字或盖章。

温馨提示：取保候审期间必须严格遵守各项规定和要求，以确保诉讼活动的顺利进行和个人权益的保障。如有任何疑问或需进一步法律建议，请直接向我咨询。