在取保候审保证金结案后无罪的情况下，保证金通常应当退还，但也存在一些不退还的特殊情形。以下是对这些情形的详细分析：
违反取保候审规定：
- 情形描述：被取保候审人在取保候审期间，如果违反了相关的规定，如未经批准离开所居住的市、县，或者干扰证人作证、毁灭、伪造证据等，那么即使最终结案被判定无罪，保证金也可能不予退还。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人违反取保候审规定，已交纳保证金的，没收部分或者全部保证金，并且区别情形，责令犯罪嫌疑人、被告人具结悔过、重新交纳保证金、提出保证人，或者监视居住、予以逮捕。
保证金来源不合法：
- 情形描述：如果保证金的来源不合法，例如是通过非法手段获取的，那么在结案后，即使被判定无罪，保证金也可能因为来源问题而不被退还。
- 法律原则：法律要求保证金的来源必须合法，这是为了维护法律的严肃性和公正性。如果保证金来源不合法，那么退还保证金将违背这一原则。
未履行相关义务：
- 情形描述：在取保候审期间，被取保候审人除了需要遵守相关规定外，还可能需要履行一些其他义务，如定期报告自己的活动情况、接受传讯等。如果未能履行这些义务，也可能影响保证金的退还。
- 实际操作：虽然法律没有明确规定未履行这些义务将直接导致保证金不退还，但在实际操作中，如果被取保候审人未能履行相关义务，可能会被视为对取保候审制度的违反，从而影响保证金的退还。
司法机关认定不宜退还的其他情形：
- 情形描述：除了上述几种情形外，司法机关还可能根据案件的具体情况，认定存在其他不宜退还保证金的情形。这些情形可能涉及案件的复杂性、社会影响、被取保候审人的个人情况等多个方面。
- 司法裁量权：在这种情况下，司法机关将根据其裁量权来决定是否退还保证金。这种裁量权的行使将基于案件的具体情况和法律的规定。
总结与建议：
在取保候审保证金结案后无罪的情况下，保证金通常应当退还。然而，如果存在违反取保候审规定、保证金来源不合法、未履行相关义务或司法机关认定不宜退还的其他情形，保证金可能不予退还。因此，被取保候审人在取保候审期间应当严格遵守相关规定和义务，以确保保证金的顺利退还。如果遇到保证金不退还的问题，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权途径。
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