核心结论：违反公司制度当时不追究，过后是否处理及如何处理，需分情况讨论，主要取决于公司制度规定、违规行为的性质及公司管理策略等因素。以下从不同角度进行分析：
公司制度有明确规定时
若公司制度中明确规定了违规行为的处理时效（例如“自发现违规行为之日起X日内处理”），或明确“事后发现仍可追责”，则公司事后仍有权依据制度对员工进行处理。此时，处理方式需严格遵循制度规定的程序（如警告、扣薪、解除劳动合同等），且需确保制度本身合法有效（如已通过民主程序制定、已公示或告知员工）。
建议：公司应优先依据制度执行，避免因程序瑕疵引发劳动争议；员工若对处理有异议，可要求公司出示制度依据。
公司制度未明确规定时
若制度未规定处理时效或事后追责条款，公司事后处理需谨慎。根据《劳动合同法》及相关司法实践，用人单位对员工的处理需满足“合理性”和“及时性”原则。若违规行为轻微且未造成实际损失，事后长时间追责可能被认定为“滥用管理权”；但若行为严重（如贪污、泄露商业秘密等），即使事后发现，公司仍可能通过合法程序追责（如报警、解除合同）。
建议：公司应补充完善制度，明确处理时效；员工若面临事后追责，可主张公司“未及时处理”或“处理过重”，要求协商或申请劳动仲裁。
员工已离职时的处理
若员工在违规行为发生后已离职，公司事后追责的难度较大。除非能证明员工的行为给公司造成实际损失（如财务损失、声誉损害），且损失与违规行为存在直接因果关系，否则公司难以通过内部制度追责。此时，公司可通过民事诉讼主张赔偿，但需承担举证责任。
建议：公司应在员工离职前完成违规调查及处理；若已离职，需收集充分证据（如审计报告、第三方证明）后再启动法律程序。
特殊情形：时效中断或延长
若公司在发现违规行为后已采取初步措施（如口头警告、暂停工作），但因员工拒不配合、证据收集困难等原因导致处理延迟，可能构成“时效中断”或“合理延长”。此时，公司事后处理仍可能被认定为合法。
建议：公司应保留处理过程中的书面记录（如邮件、会议纪要），以证明未怠于行使管理权。
总结：公司事后处理违规行为需以制度为依据，兼顾合法性与合理性；员工若面临追责，应首先核查制度规定及处理程序是否合法。具体案件需结合证据和细节分析，如有疑问可进一步向我咨询。