在候选人公示期间，若有单位质疑非中标候选人有在建工程，处理方式需根据具体情况及招标文件、相关法律法规的规定来综合判断，以下是一些关键步骤和考虑因素：

1. 核实质疑内容：

   • 首先，招标人或招标代理机构应对质疑内容进行核实，确认非中标候选人是否确实存在在建工程，以及该在建工程是否与本次招标项目存在冲突或影响。这通常涉及对相关合同、施工许可、工程进度等文件的审查。

2. 审查招标文件规定：

   • 招标文件是招标活动的法律依据，其中应明确规定了中标候选人的资格条件、排除情形等。若招标文件中有关于在建工程的具体规定（如禁止中标候选人在一定期限内承担其他在建工程），则应依据这些规定进行处理。

3. 依据法律法规判断：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，中标候选人应具备履行合同的能力，包括但不限于技术、资金、人员等方面的能力。若非中标候选人的在建工程确实影响了其履行本次招标项目合同的能力，那么该质疑可能是有根据的。
   • 同时，也要考虑是否存在恶意质疑或虚假陈述的情况，这可能需要进一步的调查和证据收集。

4. 处理质疑的方式：

   • 若质疑成立：如果核实后发现非中标候选人确实存在影响中标资格的在建工程，且该情形违反了招标文件或相关法律法规的规定，那么招标人或招标代理机构应取消其中标资格，并按照招标文件规定的程序重新确定中标候选人或进行重新招标。
   • 若质疑不成立：如果核实后发现质疑内容不属实或不足以影响中标资格，那么招标人或招标代理机构应维持原中标候选人的资格，并可以继续后续的中标公示、合同签订等程序。

5. 保障程序公正与透明：

   • 在整个处理过程中，招标人或招标代理机构应确保程序的公正性和透明性，及时向所有相关方通报处理进展和结果，避免引发不必要的争议和纠纷。

6. 法律后果与风险防范：

   • 若处理不当，可能引发法律纠纷和行政处罚。例如，如果招标人或招标代理机构未依法处理质疑，导致中标结果无效或引发其他法律纠纷，那么相关责任方可能面临行政处罚或民事赔偿等法律后果。
   • 因此，在处理此类质疑时，建议招标人或招标代理机构咨询专业律师的意见，以确保处理程序的合法性和合规性。

举例说明： 假设某招标项目要求中标候选人在中标后不得承担其他在建工程，以确保其能够全身心投入本次招标项目的实施。在候选人公示期间，有单位质疑某非中标候选人正在承担另一个大型工程，且该工程与本次招标项目存在时间上的重叠。经核实后，发现该质疑内容属实。那么，根据招标文件的规定和相关法律法规的要求，招标人或招标代理机构应取消该非中标候选人的中标资格，并按照程序重新确定中标候选人。

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