在红绿灯路口直行时被违章行驶车辆撞了，一般情况下不能直接申请扣对方车辆，但可通过向交警部门报案，由交警部门依法扣留车辆。具体分析如下：

1. 个人无权直接扣车：根据我国相关法律规定，个人在交通事故发生后，并不具备直接扣留对方车辆的权力。扣留车辆属于行政强制措施，只能由具有执法权的交警部门依法实施。

2. 交警部门可依法扣车：在交通事故发生后，如果交警部门认为有必要对车辆进行检验、鉴定或者收集证据等，可以依法扣留事故车辆。这通常发生在事故责任认定过程中，为了确保事故处理的公正性和准确性。

3. 申请扣车的途径：

   • 及时报案：在发生交通事故后，应立即向交警部门报案，并保护好现场。交警部门会迅速出警，对事故现场进行勘查，并依法处理。
   • 提供证据：在报案时，应尽可能提供与事故相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据有助于交警部门更准确地认定事故责任，并决定是否需要扣留车辆。
   • 配合调查：在交警部门进行调查时，应积极配合，提供必要的协助和信息。这有助于加快事故处理进程，并维护自己的合法权益。

4. 后续处理建议：

   • 关注事故责任认定：在事故处理过程中，应密切关注交警部门出具的事故责任认定书。这是确定事故责任、进行赔偿和后续处理的重要依据。
   • 协商赔偿或提起诉讼：根据事故责任认定书的结果，可以与对方协商赔偿事宜。如果协商不成，可以向法院提起诉讼，要求对方承担相应的赔偿责任。
   • 保留相关证据：在整个事故处理过程中，应妥善保留与事故相关的所有证据，以备不时之需。