应化所与课题组签订的培训不合格离职协议是否有效，需根据具体情况判断，但一般来说，若协议内容合法、双方意思表示真实且不违反法律法规强制性规定，则协议有效。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容合法性
培训不合格的定义与标准：
- 协议中应明确“培训不合格”的具体定义和标准，例如培训成绩未达到某一分数线、未通过特定考核项目等。
- 这些标准应当合理、客观，且能够被双方接受和认可。若标准模糊或存在争议，可能影响协议的效力。
离职条件与程序：
- 协议应明确培训不合格后的离职条件，如是否需要提前通知、是否需要支付违约金等。
- 离职程序也应符合法律法规的规定，如办理离职手续、结清工资等。
二、双方意思表示真实性
自愿签订：
- 协议必须是双方自愿签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。若一方在签订协议时受到不正当影响，可能导致协议无效。
充分了解：
- 双方在签订协议前应充分了解协议内容，包括培训不合格的定义、离职条件与程序等。若一方对协议内容存在误解或不知情，可能影响协议的效力。
三、不违反法律法规强制性规定
劳动合同法相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定试用期，并在试用期内对劳动者进行考核。若劳动者在试用期内被证明不符合录用条件，用人单位可以解除劳动合同。
- 然而，对于非试用期的培训不合格离职协议，需确保协议内容不违反劳动合同法的其他强制性规定，如不得违反公平原则、不得侵犯劳动者合法权益等。
其他法律法规：
- 协议内容还需符合其他相关法律法规的规定，如不得违反劳动保护、社会保险等方面的规定。
四、可能存在的风险与建议
风险：
- 若协议内容存在违法或不合理之处，可能导致协议无效或部分无效。
- 若双方在履行协议过程中发生争议，可能面临法律诉讼或仲裁等风险。
建议：
- 在签订协议前，双方应充分协商并明确协议内容，确保协议合法、合理且符合双方利益。
- 若对协议内容存在疑问或争议，建议咨询专业律师或法律机构进行审查和指导。
- 在履行协议过程中，双方应遵守协议约定和法律法规的规定，避免发生不必要的争议和风险。
若您对应化所与课题组签订的培训不合格离职协议的有效性存在疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。