结论：协议拆迁付款时写买卖合同是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
真实交易背景：如果协议拆迁的双方确实存在房屋买卖的真实意图，并且拆迁补偿款是作为房屋买卖价款的一部分或全部进行支付，那么在这种情况下，签订买卖合同并约定付款方式（包括拆迁补偿款作为付款来源）是合法的。这种合同反映了双方的真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
合法形式掩盖合法目的：在某些情况下，双方可能通过签订买卖合同的形式来确保拆迁补偿款的支付，但实际上双方之间并不存在房屋买卖的真实交易。如果这种形式是为了保障拆迁补偿款的顺利支付，且双方对此有明确的约定，同时不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种合同形式在法律上可能是被接受的。但需要注意的是，这种情形下的合同可能更侧重于保障付款义务的履行，而非真正的房屋买卖。
二、不合法情形
虚假交易背景：如果双方签订买卖合同的目的并非为了进行真实的房屋买卖，而是为了通过拆迁补偿款获取不当利益（如骗取拆迁补偿、逃避税收等），那么这种合同是违法的。因为这种合同缺乏真实的交易背景，且可能损害国家、集体或第三人的利益。
违反法律强制性规定：如果买卖合同的内容违反了法律、行政法规的强制性规定（如未经批准擅自转让土地使用权、违反房屋买卖限制性规定等），那么这种合同也是违法的。即使双方以拆迁补偿款作为付款方式，也不能改变合同的违法性。
三、法律建议
明确合同目的：在签订买卖合同时，双方应明确合同的目的和真实意图。如果合同是为了保障拆迁补偿款的支付，而并非进行真实的房屋买卖，那么应在合同中明确约定这一点，并确保合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
咨询专业律师：由于拆迁补偿和房屋买卖涉及复杂的法律关系和利益分配，建议在签订相关合同前咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和风险提示，帮助双方制定合法、有效的合同方案。
注意合同形式：无论采用何种合同形式，都应确保合同内容完整、明确、合法。合同应包含双方的基本信息、房屋的基本情况、付款方式、违约责任等必要条款，并由双方签字或盖章确认。
举例说明：假设甲有一处房屋即将被拆迁，乙有意购买该房屋但希望以拆迁补偿款作为付款来源。在这种情况下，甲和乙可以签订一份买卖合同，明确约定房屋的价格、付款方式（包括拆迁补偿款作为付款来源）、交付时间等条款。如果这份合同反映了双方的真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这份合同就是合法的。
后续行动建议：如果您正面临类似情况，建议先明确双方的真实意图和合同目的，再咨询专业律师以获取更具体的法律意见和风险提示。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。