结论：厂里禁止吸烟，员工在车内吸烟是否违法，需分情况讨论，主要取决于车内是否属于工厂的禁烟区域以及工厂的相关规章制度是否合法有效。

1. 车内是否属于禁烟区域

• 若车内属于工厂明确规定的禁烟区域：

  • 工厂有权根据安全生产和消防安全的需要，制定规章制度禁止在特定区域（包括车内）吸烟。员工违反此规定，可能面临工厂依据合法规章制度进行的处理，如扣除绩效奖金等，而非直接罚款（因为工厂无行政处罚权）。
  • 法律依据：工厂需确保规章制度合法有效，且员工已知晓并同意。规章制度应经过民主程序制定，内容不违反法律法规，并事先告知员工。

• 若车内不属于工厂明确规定的禁烟区域：

  • 员工在车内吸烟，通常不构成对工厂规章制度的违反，工厂也无权因此对员工进行处罚。

2. 工厂规章制度的合法性

• 合法情形：

  • 工厂有明确的规章制度，规定在特定区域禁止吸烟，且该规章制度经过民主程序制定，内容合法，员工已知晓并同意。
  • 员工违反规定时，工厂可以依据规章制度采取合理处理措施，如警告、扣除绩效奖金等。

• 不合法情形：

  • 工厂没有相关合法有效的规章制度支撑，或规章制度未经过合法程序制定、内容违法。
  • 工厂对员工的处理措施过重、不合理，或未事先与员工约定。

3. 实际操作建议

• 对于工厂：

  • 确保规章制度的合法性、有效性和透明度，明确禁烟区域和处理措施。
  • 避免直接以罚款作为管理手段，因为工厂无行政处罚权。
  • 通过培训、告知等方式确保员工知晓并同意规章制度。

• 对于员工：

  • 了解并遵守工厂的规章制度，特别是关于禁烟的规定。
  • 如对工厂的处理措施有疑问或认为受到不公正对待，可以向劳动部门投诉或寻求法律帮助。

4. 举例说明

• 合法处理：某工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间及厂区内所有车辆内禁止吸烟，并经过了职工代表大会讨论通过及全体员工公示。员工小张违规在车内吸烟，工厂根据规章制度扣除了他当月的部分绩效奖金。此情况下，工厂的处理方式通常是合法的。
• 不合法处理：某工厂仅通过口头通知就对在车内吸烟的员工进行罚款，且未履行合法程序或与员工进行事先约定。那么这种罚款行为则可能是不合法的。

总结：厂里禁止吸烟，员工在车内吸烟是否违法，需根据车内是否属于禁烟区域以及工厂规章制度的合法性来判断。工厂应确保规章制度的合法性和有效性，员工应了解并遵守相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。