立案后撤案是否会留案底，主要取决于案件的性质、撤案的具体原因以及相关法律法规的规定。下面我将从刑事案件、民事案件和行政案件三个角度，为你详细分析这个问题。

一、刑事案件

1. 不会留案底的情况

   • 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：例如，在轻微盗窃案件中，如果盗窃金额非常小，且未造成实质性危害，经调查后认为不构成犯罪，那么撤案后通常不会留下案底。
   • 犯罪已过追诉时效期限的：根据法律规定，超过法定追诉时效的案件，司法机关将不再追诉。例如，对于最高刑不满5年有期徒刑的犯罪，如果经过5年仍未被追诉，那么撤案后也不会留下案底。
   • 经特赦令免除刑罚的：如果国家元首或最高权力机关发布特赦令，免除特定犯罪人的刑罚，那么撤案后同样不会留下案底。
   • 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的：如侮辱罪、诽谤罪等，这些犯罪需要被害人主动告诉才会处理。如果被害人撤回控告，那么案件将撤案，且不会留下案底。
   • 犯罪嫌疑人、被告人死亡的：在刑事诉讼过程中，如果犯罪嫌疑人或被告人死亡，那么诉讼程序将无法继续，案件将被撤销，且不会留下案底。

2. 可能留下相关记录的情况

   • 检察机关决定不起诉，但犯罪行为确实存在：虽然案件终止，但由于犯罪事实确实存在，司法机关可能会留下相关记录。不过，这种记录主要用于公安机关内部管理和统计，不对外公开，对日常生活影响有限。
   • 检察院作出酌定不起诉决定：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院可以作出酌定不起诉决定。虽然这种情况下犯罪嫌疑人不会被交付审判，但不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录。不过，这并不等同于犯罪案底。

二、民事案件

在民事案件中，立案后又撤案是当事人自行处分诉讼权利的行为。这意味着诉讼程序终止，且不存在“案底”的说法。例如，在合同纠纷中，如果原告与被告和解后撤案，那么不会对当事人留下不良记录。

三、行政案件

1. 若违法行为轻微并及时改正，未造成危害后果：在这种情况下，行政机关可能决定不予行政处罚而撤案。通常，这种情况下不会留下案底。
2. 若违法行为已认定并作出行政处罚决定，后续因某种原因撤销处罚决定：虽然处罚决定被撤销，但相关记录仍可能存在。不过，这种记录并不属于犯罪记录，对日常生活影响较小。它主要影响当事人在某些特定领域（如申请特定行业许可证等）的资格或信誉。

总结与建议：

立案后撤案是否会留案底，需根据案件性质、撤案原因及法律法规综合判断。对于刑事案件中的特定情形，撤案后通常不会留案底；民事案件和行政案件撤案后一般不会留下案底。不过，即使撤案后没有留下案底，也可能存在其他类型的记录（如行政处罚记录、检察机关的不起诉决定书等）。这些记录虽然不同于犯罪案底，但也可能对个人的未来产生一定影响。

如果你对某个具体案件是否会留下案底有疑虑或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的解答和建议。