若土地承包合同中明确约定了承包费缴纳期限及两年未缴纳的后果，可按以下步骤办理手续：

1. 核查合同条款：首先，仔细查阅土地承包合同，确认合同中关于承包费缴纳的具体条款，包括缴纳期限、逾期缴纳的违约责任以及合同解除条件等。这是后续行动的基础和依据。
2. 发送催缴通知：根据合同条款，向承包方发送书面催缴通知，明确告知其已逾期未缴纳承包费，并要求其在规定期限内补缴。催缴通知应保留好送达证据，如邮寄回执、电子邮件发送记录等。
3. 协商解决：在发送催缴通知后，可与承包方进行协商，了解其未缴纳承包费的原因，并尝试达成补缴协议。若双方能就补缴事宜达成一致，应签订书面补缴协议，明确补缴金额、期限及违约责任等。
4. 解除合同（如必要）：若承包方在规定期限内仍未补缴承包费，且合同中有明确约定解除条件，可依据合同条款及《民法典》中关于合同解除的规定，向承包方发出解除合同通知。解除合同通知应明确解除合同的理由、依据及解除后的相关事宜处理。
5. 法律途径：若承包方对解除合同有异议，或双方无法就解除合同后的相关事宜达成一致，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认合同解除并追缴欠缴的承包费及可能产生的违约金等。

若土地承包合同中未明确约定承包费缴纳期限及两年未缴纳的后果，可按以下思路处理：

1. 补充约定：首先，尝试与承包方就承包费缴纳期限及逾期缴纳的后果进行补充约定，并签订书面补充协议。补充协议应明确双方的权利义务，以避免后续纠纷。
2. 发送催缴通知并协商：在补充约定未达成前，可先向承包方发送催缴通知，并尝试与其协商补缴事宜。若双方能就补缴达成一致，可签订书面补缴协议。
3. 参考行业惯例或法律规定：若双方无法就补充约定或补缴事宜达成一致，可参考当地土地承包行业的惯例或相关法律规定，确定合理的承包费缴纳期限及逾期缴纳的后果。在此基础上，可再次与承包方进行协商，或依法采取其他措施。
4. 法律途径：若协商无果，且承包方持续欠缴承包费，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求承包方补缴欠缴的承包费及可能产生的利息或违约金等。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据证明承包方欠缴承包费的事实及自己的损失情况。

在处理此类问题时，务必保留好相关证据，如合同、催缴通知、送达证据、协商记录等，以便在后续纠纷处理中维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。