结论：甲方和乙方公司都注销后，之前签订的协议是否有效需根据具体情况判断。一般而言，公司注销后签订的合同无效；但在特定情况下，如合同签订于注销前或构成表见代理时，合同可能有效。
详细分析：
公司注销后签订的合同通常无效
- 法律原理：公司注销意味着其法律主体资格的消灭，不再具备民事权利能力和民事行为能力。根据《民法典》第一百四十三条，有效的民事法律行为需满足行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规和公序良俗等条件。因此，注销后的公司以自己名义签订的合同，由于签约主体不具备民事行为能力，通常会导致合同无效。
- 实例说明：假设甲公司和乙公司都已完成注销登记手续，之后仍以各自公司名义签订货物买卖合同，该合同在法律上无效。
合同签订于注销前，可能有效
- 法律原理：如果合同是在公司注销前签订的，且符合《民法典》关于合同有效的规定，那么该合同通常是有效的。关键在于判断合同签订的具体时间节点，以及合同内容是否合法、双方是否自愿等。
- 实例说明：甲公司和乙公司在注销前签订了一份合作协议，且该协议内容合法、双方自愿签订。在公司注销后，该协议仍然有效，双方应继续履行协议中的义务。
构成表见代理，合同可能有效
- 法律原理：根据《民法典》第一百七十二条，如果公司注销后，原员工或代理人以公司名义签订合同，且相对方有理由相信其有代理权，可能构成表见代理。在这种情况下，即使公司已注销，合同也可能被认定为有效，由原股东等相关责任主体承担相应责任。
- 实例说明：甲公司注销前员工A一直负责与合作方B进行业务对接和合同签订。甲公司注销后，A未告知B公司已注销，仍以甲公司名义与B签订合同。B基于以往合作习惯和A的身份有理由相信其有代理权，此时合同可能被认定为有效，由甲公司的原股东等相关责任主体承担相应责任。
处理建议：
- 在处理注销公司签订的合同是否有效的问题时，应首先查看合同签订的具体时间和背景，确定合同是在公司注销前还是注销后签订的。
- 如合同签订于注销前，且内容合法、双方自愿，则合同通常有效，双方应继续履行。
- 如合同签订于注销后，或存在表见代理的情况，建议仔细审查相关证据和事实情况，以确定合同是否有效及责任主体。
- 在处理涉及复杂法律关系和较大经济利益的合同时，更应谨慎对待，确保自身权益不受损害。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律意见。