债务人一般不能直接以“借款来源不明”为由对抗还款义务，但可分情况主张权利或提出抗辩。具体分析如下：

1. 借款来源是否影响合同效力？
   根据《民法典》第六百七十九条，自然人之间的借款合同自贷款人提供借款时成立。只要债权人能证明借款已实际交付（如转账记录、收条等），即使借款来源存在争议（如资金来自赌博、非法集资等），合同效力通常不受影响，债务人仍需履行还款义务。
   例外情形：若债权人明知借款用于违法活动（如贩毒、赌博），则合同可能因违反公序良俗或法律强制性规定被认定无效，债务人无需还款（《民法典》第一百五十三条、第一百五十四条）。

2. 债务人能否以“借款来源违法”作为抗辩理由？

   • 若债务人不知借款来源违法：仅以“来源不明”为由抗辩，法院一般不予支持。债务人需承担还款责任，但可另案主张债权人侵犯其知情权（如涉及高利贷、套路贷等）。
     
   • 若债务人明知借款来源违法：例如债权人明确告知资金来自非法集资，债务人仍接受借款的，可能被认定为“共同违法”，此时合同无效，债务人需返还本金，但利息不受保护（《民法典》第一百五十七条）。

3. 债务人如何维护自身权益？

   • 核实借款来源：若怀疑借款涉及违法活动，可要求债权人提供资金合法来源的证明（如银行流水、收入证明等）。
     
   • 收集证据：保留与债权人的沟通记录（如微信、录音），证明对方是否隐瞒借款来源或存在欺诈行为。
     
   • 报警或举报：若发现借款与犯罪活动相关（如诈骗、洗钱），可向公安机关报案，通过刑事程序追责。
     
   • 反诉或另案起诉：若债权人存在违法行为（如高利贷、暴力催收），可提起反诉或单独起诉，要求赔偿损失或确认合同无效。

总结：借款来源是否合法通常不影响债务人还款义务，但若涉及违法活动，债务人可通过法律程序主张权利或抗辩。建议债务人在借款时要求债权人明确资金来源，并保留相关证据，以避免纠纷。如有具体案件，可进一步向我咨询细节。