结论：事业单位合并后仍维持独立法人资格，开办资金未明确规定的，一般需结合合并协议、资产清查结果及主管部门审批意见综合确定，具体分以下几种情况处理。

1. 合并协议有明确约定
   若合并协议中已对开办资金的数额、来源或调整方式作出明确约定（例如“合并后各单位原开办资金不变”或“按资产评估结果重新核定”），则直接按协议执行。这是最直接、优先适用的依据，但需确保协议内容不违反《民法典》关于法人合并的强制性规定（如不得损害债权人利益）。

2. 合并协议未约定，需重新核定开办资金
   若协议未约定，需根据《事业单位登记管理暂行条例》及实施细则，结合以下步骤处理：

   • 资产清查：合并各方需委托会计师事务所对合并前的资产、负债进行全面清查，明确各单位净资产（资产-负债）数额；
     
   • 主管部门审批：将清查结果报事业单位主管部门（如教育局、卫健委等），由主管部门根据合并目的（如优化资源配置、提升服务效能）核定合并后单位的开办资金；
     
   • 登记机关备案：最终以主管部门核定的开办资金为准，向事业单位登记管理机关（如编办）办理变更登记。
     注：开办资金通常应反映单位实际可支配的净资产，不得虚报或低估。

3. 开办资金为零或负数的特殊处理
   若合并后单位净资产为零或负数（例如原单位负债超过资产），需分情况处理：

   • 若合并目的为“承担债务式合并”：需在合并协议中明确债务承担方式（如由合并后单位继承全部债务），并由主管部门出具“开办资金核减至零”的批准文件，同时说明债务承担方案；
     
   • 若合并后单位无实际资产：可能涉及法人资格存续的合法性问题。根据《民法典》第69条，法人解散需依法清算，若合并后单位已无财产可供清算，可能需申请注销原法人资格，而非维持独立法人。
     

建议：

• 合并前务必在协议中明确开办资金的处理方式，避免后续纠纷；
  
• 资产清查需由第三方机构参与，确保数据真实；
  
• 若开办资金核减或调整，需及时办理登记变更，否则可能影响单位对外签订合同、申请资质等法律行为的有效性。
  

如有具体合并方案或协议条款，可进一步提供细节，我会结合实际情况分析法律风险。