针对您提出的“合同约定签字盖章生效，只盖章合同是否生效”的问题，这确实是一个涉及合同法和实际操作层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律基础与合同成立要件
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这里，“签名、盖章或者按指印”是并列的选择关系，意味着只要满足其中之一，合同在法律上即可视为成立。当然，具体是否需要同时满足多个要件，还需根据合同的具体约定以及相关法律法规来确定。
二、合同约定与生效条件的解读
一般原则：
- 如果合同中仅提及“盖章签字生效”，但并未明确说明必须同时具备签字和盖章两个条件，那么从法律的角度来看，盖章本身就可以视为合同成立并生效的有效方式。在这种情况下，即使没有签字，合同仍然可能具有法律效力。
特定约定：
- 然而，如果双方在实际交易或合同谈判过程中，对“盖章签字生效”有特定的理解或约定，即认为必须同时满足盖章和签字两个条件合同才生效，那么仅有盖章时合同的效力就会存疑。在这种情况下，需要结合具体的证据和事实来认定合同的效力，比如双方之前的交易习惯、邮件往来、短信记录等，以判断双方的真实意思表示。
实际履行情况：
- 还有一个重要的考量因素是合同的实际履行情况。即使合同未同时满足盖章和签字条件，但如果一方已经履行了合同的主要义务，且对方已经接受，那么根据《民法典》的规定，该合同仍然被视为成立并生效。这是因为合同的核心在于双方当事人的真实意思表示和实际履行行为。
三、影响合同效力的其他因素
除了上述的合同约定和实际履行情况外，还有一些其他因素也可能影响合同的效力：
真实意思表示：
- 合同内容必须不违反法律法规的强制性规定，并且是双方真实意思的表示。如果合同是在欺诈、胁迫或乘人之危等情况下订立的，那么合同的效力可能会受到严重影响。
盖章主体与印章真伪：
- 盖章主体的权限以及印章的真伪也是影响合同效力的关键因素。如果盖章并非合同约定主体所盖，或者印章存在伪造等情形，那么合同的效力将受到严重影响，甚至可能被视为无效合同。
四、建议与实践操作
为了避免后续纠纷的发生，我建议您在签订合同时采取以下措施：
明确约定生效条件：
- 双方应在合同中明确约定生效条件及签字盖章事宜，包括是“签字或盖章”还是“签字并盖章”生效，以及盖章的具体要求（如盖章主体、印章类型等）。
保留相关证据：
- 在合同签订和履行过程中，双方应保留好相关的证据和记录，如邮件往来、短信记录、付款凭证等，以备不时之需。
咨询专业法律人士：
- 如果对合同的效力或签订过程存在疑问或不确定之处，建议咨询专业的法律人士或律师，以获取更准确和专业的法律意见。
综上所述，合同约定签字盖章生效但只有盖章的情况下，合同是否有效需结合具体的合同约定、相关法律法规的规定以及实际情况进行综合判断。在实践中，应充分考虑各种因素，以确保合同的合法性和有效性。