结论：关于“小三被原配起诉还钱，小三没钱，房子离婚后协议上已经归儿子，法院是否还会拍卖”的问题，这主要取决于房子的产权归属、是否涉及共同债务以及法院的判决执行情况，一般情况下，如果房子已经明确归儿子所有，且不属于可执行财产，法院通常不会拍卖；但如果房子仍属于可执行财产范围，或者存在其他特殊情况，法院则有可能进行拍卖。以下是对此问题的详细分析：
一、房子的产权归属
离婚协议效力：
- 离婚协议中关于房产归属的约定，在双方之间具有法律约束力。如果协议明确房子归儿子所有，且该协议已经办理了相关登记手续（如过户到儿子名下），则房子在法律上应视为儿子的财产。
产权登记：
- 产权登记是确定房产归属的重要依据。如果房子已经过户到儿子名下，那么从法律上讲，房子已经不属于小三或原配偶的财产，而是儿子的个人财产。
二、法院执行与拍卖
可执行财产范围：
- 法院在执行判决时，会查找被执行人的可执行财产，如银行存款、房产、车辆等。如果房子已经明确归儿子所有，且不属于被执行人的财产，那么法院通常不会将其纳入可执行财产范围。
特殊情况：
- 恶意转移财产：如果法院认为离婚协议中关于房产归属的约定是为了逃避债务而进行的恶意转移，那么可能会撤销该约定，并将房子纳入可执行财产范围。
- 涉及共同债务：如果原配起诉的债务属于夫妻共同债务，且小三作为共同债务人之一，那么即使房子归儿子所有，法院也可能根据具体情况，考虑是否对房子进行拍卖以偿还债务（但这种情况较为复杂，且需要法院综合判断）。
- 儿子未成年或无民事行为能力：如果儿子未成年或无民事行为能力，且房子实际上由小三或原配偶管理、使用，那么法院在执行时可能会考虑这一因素，对房子的处理更加谨慎。
三、法律建议
保留证据：
- 小三应保留好离婚协议、产权登记证书等相关证据，以证明房子已经归儿子所有，不属于可执行财产。
积极应诉：
- 如果原配起诉小三还钱，并申请法院执行房产，小三应积极应诉，向法院说明房子的产权归属情况，并提供相关证据。
咨询专业律师：
- 由于此类案件涉及复杂的法律关系和财产处置问题，小三应咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，法院在处理此类案件时也会综合考虑各种因素。因此，如果小三面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。