在招投标活动中，若投标人不按招标文件规定的清单报价，可按以下方式处理：

1. 判定为无效投标
   根据《招标投标法》第二十七条及《招标投标法实施条例》第五十一条，投标文件应当对招标文件提出的实质性要求和条件作出响应。若投标人未按照招标文件规定的清单格式、项目编码、项目名称、计量单位或工程量报价，属于未实质性响应招标文件要求，评标委员会可直接判定其投标无效。
   法律依据：

   • 《招标投标法实施条例》第五十一条：“有下列情形之一的，评标委员会应当否决其投标：……（四）同一投标人提交两个以上不同的投标文件或者投标报价，但招标文件要求提交备选投标的除外；（五）投标报价低于成本或者高于招标文件设定的最高投标限价；……（七）投标文件没有对招标文件的实质性要求和条件作出响应。”
     
   • 《工程建设项目施工招标投标办法》第五十四条：“投标文件不响应招标文件的实质性要求和条件的，评标委员会应当否决其投标。”

2. 要求投标人澄清或补正（非强制）
   若投标人报价清单存在轻微偏差（如漏项、计算错误），但未影响实质性内容，且招标文件允许澄清或补正，评标委员会可要求投标人在规定时间内书面说明或补正。但需注意：

   • 澄清内容不得超出投标文件范围或改变实质性内容；
     
   • 若投标人拒绝澄清或补正，仍可按无效投标处理。
     法律依据：
     
   • 《招标投标法》第三十九条：“评标委员会可以要求投标人对投标文件中含义不明确的内容作必要的澄清或者说明，但是澄清或者说明不得超出投标文件的范围或者改变投标文件的实质性内容。”

3. 按招标文件约定处理
   若招标文件已明确约定“不按清单报价视为废标”或“漏项部分视为已包含在报价中”，则直接按合同约定执行。例如：

   • 若约定“漏项部分视为优惠”，则中标后不得再主张追加费用；
     
   • 若约定“报价偏差超过±X%视为无效”，则直接否决投标。
     操作建议：招标人应在招标文件中提前明确报价规则及偏差处理方式，避免争议。

4. 特殊情形处理

   • 电子招投标系统故障：若因系统问题导致报价清单显示异常，需结合技术证据（如系统日志）综合判断，必要时可暂停评标并修复问题后重新评标。
     
   • 恶意低价竞争：若投标人报价明显低于成本，可能涉及不正当竞争，评标委员会可要求其提供成本说明，否则按无效投标处理。
     法律依据：
     
   • 《反不正当竞争法》第十一条：“经营者不得编造、传播虚假信息或者误导性信息，损害竞争对手的商业信誉、商品声誉。”

实务建议：

1. 招标人应在招标文件中明确报价清单的格式、内容及偏差处理规则；
   
2. 评标阶段严格审查报价清单的完整性，避免后续纠纷；
   
3. 若发现投标人恶意不按清单报价，可向行政监督部门投诉并保留追究法律责任的权利。
   

如需进一步分析具体案例或招标文件条款，可直接向我咨询。