法院按生效判决强制执行拆除违建的效力，在一般情况下，是大于协议拆除违建的效力的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律效力层面
法院生效判决的强制执行力：
- 法院作出的生效判决具有法律上的强制执行力。这意味着，一旦判决确定某建筑物为违建并需拆除，相关当事人必须履行判决义务，否则法院有权采取强制措施进行拆除。
- 强制执行是法院依法行使职权的行为，具有国家强制力的保障，因此其效力通常高于当事人之间的协议。
协议拆除的效力：
- 协议拆除通常基于当事人之间的自愿协商达成。虽然协议在当事人之间具有法律约束力，但其效力受到协议内容、签订程序以及当事人履行意愿等多种因素的影响。
- 如果一方当事人不履行协议义务，另一方当事人通常需要通过诉讼等法律途径来维护自己的权益，而不能直接采取强制措施。
二、执行程序层面
法院强制执行的程序：
- 法院在强制执行过程中，会依法进行公告、通知等程序，确保相关当事人的知情权。
- 如果当事人拒不履行判决义务，法院可以采取查封、扣押、拍卖等强制措施，甚至可以依法对当事人进行罚款、拘留等处罚。
协议拆除的执行：
- 协议拆除的执行主要依赖于当事人的自觉履行。如果一方当事人不履行协议，另一方当事人通常需要先通过协商、调解等方式解决争议。
- 如果协商、调解无果，另一方当事人可能需要通过诉讼等法律途径来强制对方履行协议义务，这增加了执行的不确定性和时间成本。
三、特殊情况下的考量
- 协议与判决的一致性：如果协议拆除的内容与法院生效判决的内容一致，且双方当事人均愿意按照协议履行，那么在这种情况下，协议拆除的效力可以视为与判决拆除的效力相当。但这种情况并不改变法院判决在法律上的优先地位。
- 协议的有效性：如果协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），那么该协议的效力将受到质疑，甚至可能被法院宣告无效或撤销。在这种情况下，协议拆除的效力显然无法与法院生效判决的效力相提并论。
四、法律建议
- 对于违建拆除问题：建议当事人首先通过合法途径（如行政诉讼）确认建筑物的合法性。如果建筑物确实被认定为违建，且需要拆除，那么最好通过法院判决来明确拆除义务和责任。
- 在签订协议时：应确保协议内容合法、明确，并尽量在协议中约定违约责任和争议解决方式。这样可以在一定程度上降低协议执行的风险和不确定性。
综上所述，法院按生效判决强制执行拆除违建的效力在一般情况下是大于协议拆除违建的效力的。这主要是因为法院判决具有国家强制力的保障和法律上的优先地位。如果你在房产问题或征地拆迁方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。