结论前置：劳动合同到期三个月后，劳动者是否可以直接离职，需根据具体情况判断。在大多数情况下，如果合同没有特别约定且用人单位无违法行为，劳动者可以依法直接离职；但若存在特殊情形或合同约定，则需按相应规定处理。

一、可以直接离职的情况

1. 合同自然终止：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十四条第一项，劳动合同期满即终止。
   • 操作指南：若劳动合同中没有特别约定到期后的离职手续或提前通知要求，劳动者在合同到期三个月后，按照正常的工作交接流程办理完毕后即可直接离职。例如，某员工与公司签订的一年期劳动合同到期，且合同中未规定额外的离职条件，则该员工在完成工作交接后，可直接离职。

2. 用人单位违法：

   • 情形说明：如用人单位未按时支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等。
   • 法律权益：劳动者有权随时离职，并可根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条解除劳动合同，同时有权要求用人单位支付经济补偿。

二、不可直接离职的情况

1. 合同有特别约定：

   • 情形说明：劳动合同中明确约定了到期后需要提前通知或办理相关手续等条款。
   • 操作要求：劳动者必须按照合同约定执行，如提前通知用人单位或完成特定手续。例如，若合同中规定到期后需提前一个月通知用人单位方可离职，则劳动者需遵守此约定。

2. 未办理离职手续：

   • 重要性：即便劳动合同到期，劳动者也需按公司规定流程办理离职手续，包括工作交接、退还公司财产、结算工资等。
   • 法律后果：未完成离职手续前，劳动者不能正式离职。若因未完成交接给用人单位造成损失的，劳动者需承担赔偿责任。

3. 特殊岗位的限制：

   • 情形说明：对于涉及商业秘密、知识产权等特殊岗位的劳动者，即使合同到期，仍需遵守保密协议或竞业限制协议的相关规定。
   • 操作要求：离职时，可能需履行额外的保密或竞业限制义务，不可直接离职。例如，若员工在离职后需遵守竞业限制协议，不得在竞争对手公司工作，则该员工在离职前需与用人单位协商并达成一致。

三、经济补偿的相关问题

1. 单位维持或提高待遇续订而劳动者拒绝：

   • 法律规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条第五项，除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。不过在此种（单位维持或提高待遇续订而劳动者拒绝）情形下，用人单位无需支付经济补偿。
   • 实例分析：若公司维持原待遇或提供更好条件续签合同，但劳动者因个人原因拒绝，则公司无需支付经济补偿。

2. 单位降低待遇续订而劳动者拒绝：

   • 法律权益：此种情况属于“除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外”，用人单位应支付经济补偿。
   • 计算标准：经济补偿金额根据劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。例如，若员工在公司工作两年三个月，则公司需支付两个半月工资的经济补偿。

四、总结与建议

综上所述，劳动合同到期三个月后能否直接离职，需综合考虑多种因素。为确保双方权益不受损害，我建议劳动者在离职前：

1. 仔细审查劳动合同：了解合同中关于离职的具体条款和约定。
2. 与用人单位沟通：就离职事宜与用人单位进行充分沟通，确保双方对离职时间和手续达成一致。
3. 办理离职手续：按照公司规定流程办理离职手续，包括工作交接、退还公司财产、结算工资等。
4. 保留相关证据：如书面通知、离职证明等，以备不时之需。

若在离职过程中遇到任何问题或争议，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。