被告人不能仅通过微信授权指定代理人。在法律程序中，指定代理人或委托代理人的行为需要遵循一定的法律程序和规定，以确保代理行为的合法性和有效性。以下是对这一问题的详细解释：
一、法律程序要求
书面委托：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，当事人委托他人代为诉讼，必须向人民法院提交由委托人签名或者盖章的授权委托书。这意味着，仅仅通过微信等电子方式授权是不够的，必须要有书面的授权委托书。
身份验证：在提交授权委托书时，通常还需要提供委托人和受托人的身份证明文件，以验证双方的身份和代理关系的真实性。微信授权无法提供这样的身份验证。
二、微信授权的局限性
形式要件缺失：微信授权通常只是口头或文字上的表示，缺乏法律所要求的形式要件，如签名、盖章等。因此，它不能作为有效的法律文件来证明代理关系的存在。
证据效力问题：即使微信授权被记录下来，其证据效力也可能受到质疑。在法律程序中，证据需要满足一定的真实性、合法性和关联性要求。微信授权可能因无法证明其真实性和合法性而被排除在证据之外。
三、正确的做法
书面授权委托书：被告人如果需要指定代理人，应该准备一份书面的授权委托书，明确代理人的姓名、代理事项、代理权限和代理期限等内容，并由被告人签名或盖章。
提交法院：将准备好的授权委托书提交给审理案件的法院，以便法院确认代理关系的存在和代理人的身份。
代理人参与诉讼：在法院确认代理关系后，代理人就可以代表被告人参与诉讼活动了。
四、特殊情况下的处理
如果被告人因特殊原因（如疾病、残疾等）无法亲自签署授权委托书，可以委托他人代为签署，但需要提供相应的证明材料，并经过法院的审查和确认。
总结与建议：被告人不能仅通过微信授权指定代理人，而应该遵循法律程序的要求，准备书面的授权委托书并提交给法院。如果你在刑事辩护或行政纠纷领域有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。