在民事案件中，当被告提起反诉并且法院决定合并审理时，关于反诉部分的案件受理费，确实有一套特定的计算方式和规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律依据与基本原则

根据《诉讼费用交纳办法》的明确规定，当被告提起反诉且法院决定合并审理时，反诉部分的案件受理费应当减半交纳。这一规定旨在合理负担诉讼费用，确保当事人能够平等地行使诉讼权利，并合理利用司法资源。

二、具体计算方式

1. 财产案件：

   • 如果反诉涉及财产纠纷，案件受理费将根据反诉请求的金额或价额，按照一定比例分段累计交纳后减半收取。
   • 具体比例如下：
     • 不超过1万元的，每件交纳50元；
     • 超过1万元至10万元的部分，按2.5%交纳；
     • 超过10万元至20万元的部分，按2%交纳；
     • 以此类推，超过2000万元的部分，按0.5%交纳。
   • 计算出的总费用后，再减半收取。

2. 非财产案件：

   • 对于离婚、侵害姓名权、名称权、肖像权、名誉权等非财产案件，反诉案件受理费根据案件类型固定收费后减半交纳。
   • 例如，离婚案件每件原交纳50元至300元，现减半交纳；若涉及财产分割，财产总额不超过20万元的，不另行交纳，超过20万元的部分，按照0.5%交纳后减半。
   • 侵害姓名权、名称权、肖像权、名誉权、荣誉权以及其他人格权的案件，每件原交纳100元至500元，现同样减半；涉及损害赔偿的，赔偿金额部分也按相应比例交纳后减半。

三、法院处理流程与注意事项

1. 通知预交：

   • 法院受理反诉并决定合并审理后，会通知反诉原告在指定期限内预交案件受理费，金额根据上述标准计算确定。

2. 逾期未交的后果：

   • 若反诉原告在规定期限内未预交案件受理费，且未提出缓交、减交、免交申请或申请未获批准，法院可能按自动撤回反诉处理。

3. 其他费用承担：

   • 如反诉败诉，反诉原告可能需要承担全部的诉讼费用，包括案件受理费和其他因鉴定、公告、勘验等发生的依法应当由当事人负担的费用。
   • 这些费用遵循“谁主张，谁负担”的原则，由当事人直接支付给有关机构或单位，法院不得代收代付。

四、司法实践中的差异与建议

尽管《诉讼费用交纳办法》对反诉案件受理费的减半交纳有明确规定，但司法实践中对于该规定的理解可能存在不同做法。有些法院可能仅对反诉部分减半，而对本诉部分全额收取；有些法院则可能认为本诉和反诉都应减半。这种理解上的差异可能导致案件处理结果的不同，并容易引发争议。

因此，在实际操作中，我建议您：

• 咨询当地法院：在提起反诉前，向当地法院咨询具体的诉讼费用标准和司法实践，以确保案件受理费的正确交纳。
• 准备充分证据：在提起反诉时，准备充分的证据以支持您的反诉请求，这有助于提高反诉的成功率，并可能减少您需要承担的诉讼费用。
• 了解减免政策：如果您经济困难，可以了解并申请诉讼费用减免政策，以减轻您的经济负担。

综上所述，提起反诉并合并审理的案件受理费问题应遵循《诉讼费用交纳办法》的相关规定进行减半交纳，并根据案件性质和当地法院的司法实践来确定具体金额和处理方式。希望这些解答能够帮助您更好地理解和处理这一问题。