结论：主合同和补充协议单价不一致，税务是否追究需分情况讨论，主要取决于价格差异的合理性、业务实质以及税务合规性。以下从不同角度展开分析：

1. 税务机关的关注重点：价格差异的合理性
   税务机关在核查时，核心关注点是交易价格是否符合独立交易原则（即市场公允价值）。若补充协议的单价与主合同差异显著（如远高于或低于行业平均水平），且无法提供合理商业理由（如成本变动、质量升级、特殊条款等），可能被认定为“价格明显偏低或偏高”，进而触发税务调整或追责。
   例如：若主合同单价为100元/件，补充协议突然变为200元/件，但未说明质量提升或数量减少等对价变化，税务机关可能要求按公允价值重新核定收入或成本。

2. 业务实质与合同逻辑的一致性
   若补充协议是对主合同的合理补充或修改（如因原材料涨价、设计变更等客观原因调整单价），且双方能提供完整证据链（如会议纪要、成本测算表、沟通记录等），税务机关通常不会追究。但若补充协议与主合同无实质关联，或存在“阴阳合同”嫌疑（如通过补充协议转移利润、逃避税款），则可能面临税务稽查甚至处罚。
   例如：因市场波动导致单价调整，且补充协议明确约定调整原因和计算方式，属于合法商业行为；但若补充协议单价与实际交易无关，仅为“少缴税款”的工具，则涉嫌偷税。

3. 税务合规性要求：申报与备案的完整性
   根据《税收征收管理法》及增值税、企业所得税等相关规定，企业需如实申报交易价格。若主合同与补充协议单价不一致，需在申报时分别列示，并附说明材料。若未主动披露差异或提供虚假资料，可能被认定为“未如实申报”，面临补税、滞纳金甚至罚款。
   例如：企业需在增值税纳税申报表中分别填写主合同和补充协议的销售额，并在企业所得税汇算清缴时说明价格差异原因。

建议：

• 若单价差异合理，保留完整证据链（如成本变动证明、双方协商记录等），并在税务申报时主动说明；
  
• 若差异可能引发税务风险，可提前与主管税务机关沟通，或通过税务合规审查降低风险；
  
• 避免通过补充协议人为操纵价格，否则可能涉及偷税、虚开发票等违法行为。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会结合实务经验为您详细解答。