合同的制定确实应严格遵循招投标文件的实质性内容。这是为了确保合同的合法性和有效性，同时避免后续可能出现的纠纷。以下是对这一问题的详细解答：
一、合同制定的核心依据
在合同签订的过程中，招投标文件是至关重要的依据。这包括招标文件中的投标须知、技术规格要求、商务条款，以及投标文件中的投标报价、技术响应文件和商务响应文件。合同应明确反映这些文件中的核心内容和要求，确保双方的权利和义务得到清晰界定。
投标须知与技术规格要求：合同应详细阐述招标过程中的基本规则和程序，如招标答疑、投标文件的提交方式和截止时间等。同时，技术条款应明确规定供应商或承包商提供的货物、工程或服务必须达到的技术标准、产品规格和性能指标，以满足招标人的实际需求。
商务条款：合同应明确付款方式、交货期、质量保证期和违约责任等商务方面的具体要求。这些条款是合同执行过程中的关键环节，对于保障双方权益至关重要。
投标报价与技术响应：合同价格条款应以投标报价为基础确定，确保价格的准确性和可执行性。同时，技术服务和支持等方面的条款应参考投标人的技术响应文件，明确双方在技术实施过程中的权利和义务。
商务响应：合同中的商务条款应与投标文件的商务响应保持一致，进一步明确双方在商务活动中的权利义务关系，避免后续产生歧义或纠纷。
二、法律法规的遵循
根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例的规定，招标人与中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容相一致。双方不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议，这是法律对合同制定的明确要求。
三、合同审查的要点
在审查合同时，需要特别注意以下几点以确保合同条款的合法性和有效性：
实质性内容一致性：仔细核对合同条款是否与招投标文件的实质性内容保持一致，避免任何背离或变更。
避免“阴合同”：除备案的中标合同外，发包人与承包人不得另行签订背离备案中标合同实质性内容的其他合同。如果双方在中标合同之外签订的合同仅是对中标合同的进一步补充，并未变更工程价款、工程质量、工程期限等实质性内容，则不构成“阴合同”。但这种情况也需要谨慎处理，以避免潜在的法律风险。
四、总结与建议
综上所述，合同的制定和审查应严格遵守相关法律法规和招投标文件的规定。双方应充分沟通并达成一致意见，以确保合同条款的全面性、准确性和合法性。在实际操作中，建议聘请专业律师进行合同审查和咨询，以确保合同的严谨性和有效性。这样不仅可以避免后续产生不必要的纠纷和损失，还可以为项目的顺利实施提供有力保障。