针对您单位保密系统管理员辞职后证书的处理问题，这确实是一个涉及保密管理的重要环节。以下是我为您提供的详细解答：

首先，当保密系统管理员辞职时，单位应严格按照保密管理规定来处理其持有的证书及相关涉密信息。具体来说，可以遵循以下几个步骤：

1. 清退涉密载体：

   • 保密系统管理员在辞职前，必须清退所有个人所持有和使用的国家秘密载体和涉密信息设备，这包括但不限于工作电脑、手机、U盘、移动硬盘等电子设备，以及涉密笔记本、文件、草稿纸、复印件等文件材料。
   • 清退过程中，应认真清理清点，登记在册，并办理移交手续。这是确保涉密信息不泄露的关键步骤。

2. 取消相关权限：

   • 除了清退物理载体外，还应立即取消该管理员在涉密信息系统中的访问权限，以及办公场所的出入权限。这是防止其离职后仍能访问或接触涉密信息的必要措施。

3. 签订保密承诺书：

   • 保密系统管理员在辞职时，应签订保密承诺书，明确其离职后应履行的保密义务，以及违反承诺应承担的法律责任。这是对其保密责任的一种法律约束。

4. 接受脱密期管理：

   • 辞职的保密系统管理员应接受脱密期管理。脱密期是指一定期限内，在择业、出国（境）等方面对离职离岗涉密人员采取限制措施的时间段。这是为了确保其在离职后的一段时间内，仍能保持对涉密信息的保密意识，不泄露国家秘密。
   • 在脱密期内，该管理员需定期向原单位报告个人就业变更、个人重大事项等情况，如遇特殊情况（如利诱、胁迫、渗透和策反等），应及时向国家安全机关举报。

5. 关于证书的处理：

   • 至于保密系统管理员持有的证书，如果这些证书是与其涉密身份直接相关的（如保密资格认证证书等），那么在其辞职后，这些证书应由单位收回并妥善保管或注销。
   • 如果证书是个人通过考试获得的（如某些专业技能证书），且这些证书并不直接涉及国家秘密，那么单位可以不必收回，但应确保该管理员在离职后不再使用这些证书从事与涉密相关的工作。

综上所述，当保密系统管理员辞职时，单位应严格按照保密管理规定来处理其持有的证书及相关涉密信息，确保国家秘密的安全不泄露。同时，也应加强对离职涉密人员的管理和监督，筑牢保密安全防线。