针对您提出的“国企职工迟到怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动纪律和工资管理的重要方面。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，国企作为用人单位，有权通过规章制度来管理员工的劳动纪律，包括迟到等行为。然而，这种管理权并非无限制的，它必须遵循合法、合理和善意的原则。
一、合法性原则：
国企在制定考勤制度时，必须确保其内容符合国家法律法规的规定。例如，不能随意设定高额的罚款或扣款，因为这可能违反劳动法的相关规定。根据《工资支付暂行规定》，用人单位可以扣除劳动者工资的情况主要包括：代扣代缴的个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费或赡养费，以及法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。除此之外，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
二、合理性原则：
国企在制定考勤制度时，应考虑迟到的实际情况和影响，合理设定扣款标准。例如，可以设定迟到一定时间范围内扣款一定比例，但不应设定过高的扣款比例或罚款金额。如您所提到的案例中，医疗公司设定的扣款标准明显过高，导致员工一年内被扣了20余万元工资，这显然是不合理的。法院在判决时也明确指出，用人单位行使管理权应当合理且善意，不能明显扩大劳动者违纪结果、加重劳动者违纪责任。
三、善意性原则：
国企在管理员工迟到行为时，应秉持善意和教育的目的，而非单纯的惩罚。可以通过提醒、警告、培训等方式来帮助员工改正迟到行为，而不是一味地扣款或罚款。这样既能维护企业的劳动纪律，又能促进员工的成长和发展。
四、具体处理建议：
完善考勤制度：国企应制定明确、合理的考勤制度，明确迟到的定义、扣款标准、处理程序等，确保制度的合法性和合理性。
加强沟通教育：对于迟到的员工，国企应首先进行沟通和教育，了解迟到的原因和情况，帮助员工认识到迟到行为的危害性，并鼓励员工改正。
合理扣款：如果员工确实存在迟到行为，且符合考勤制度中的扣款条件，国企可以按照制度规定进行合理扣款。但扣款金额应合理，不得超过法律法规规定的上限。
记录与反馈：国企应建立完善的考勤记录系统，对员工的迟到行为进行记录和统计。同时，应定期向员工反馈考勤情况，让员工了解自己的出勤状况，并鼓励员工积极改进。
综上所述，国企在处理职工迟到问题时，应遵循合法、合理和善意的原则，制定明确的考勤制度，加强沟通教育，合理扣款，并建立完善的考勤记录系统。这样既能维护企业的劳动纪律，又能保障员工的合法权益。