针对“集体产权商铺擅自改窗为门，处罚主体是谁”这一问题，结论如下：处罚主体通常是城市管理行政执法部门（城管部门）或相关规划管理部门，具体取决于地方性法规和规章的规定以及违规行为的性质。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规依据
《城乡规划法》的相关规定：
- 根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 在集体产权商铺擅自改窗为门的情况下，如果这一行为改变了建筑物的原有结构或外观，且未获得相关规划许可，那么就可能构成违法建设，从而受到城乡规划主管部门的处罚。
地方性法规和规章：
- 除了国家层面的法律法规外，各地还可能根据本地实际情况制定了地方性法规和规章，对违法建设行为进行更具体的规定和处罚。
- 例如，某些地方可能明确规定，对于擅自改变建筑物外立面或结构的违法行为，由城市管理行政执法部门（城管部门）负责查处和处罚。
二、处罚主体的确定
城乡规划主管部门：
- 在大多数情况下，如果集体产权商铺擅自改窗为门的行为违反了城乡规划法或相关规划许可的要求，那么城乡规划主管部门（如规划局、规划分局等）将是主要的处罚主体。
- 它们有权对违法建设行为进行调查、认定，并作出相应的处罚决定。
城市管理行政执法部门（城管部门）：
- 在某些地区，城市管理行政执法部门可能被授权负责查处和处罚包括违法建设在内的多种城市管理违法行为。
- 如果地方性法规或规章明确规定了城管部门在查处违法建设方面的职责和权限，那么城管部门也将成为可能的处罚主体。
其他相关部门：
- 在某些特殊情况下，如果集体产权商铺擅自改窗为门的行为还涉及到了其他方面的违法（如消防安全、建筑安全等），那么相关部门（如消防部门、建设部门等）也可能参与处罚或要求整改。
三、实际操作中的考虑因素
违规行为的性质：
- 处罚主体的确定还取决于违规行为的性质和严重程度。如果违规行为较为轻微且易于改正，可能由城乡规划主管部门或城管部门直接进行处罚；如果违规行为较为严重或涉及多个方面的问题，则可能需要多个部门联合行动。
地方性法规和规章的具体规定：
- 不同地区的地方性法规和规章可能对违法建设行为的处罚主体和处罚措施有不同的规定。因此，在确定处罚主体时，需要仔细查阅和了解当地的相关法律法规。
执法实践中的惯例和做法：
- 在实际执法过程中，不同地区和部门可能形成了一些惯例和做法。这些惯例和做法也可能对处罚主体的确定产生影响。
建议：如果您是集体产权商铺的业主或管理者，且面临擅自改窗为门被处罚的情况，建议您首先了解当地的相关法律法规和规章，明确处罚主体和处罚措施。同时，积极与相关部门沟通协商，寻求合理的解决方案。如果您对处罚决定有异议或认为处罚不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。