结论：一楼为商铺、上面为住宅的建筑中，住宅门窗改造是否合法，需根据改造是否涉及建筑结构安全、是否违反物业管理规定、是否获得相关审批以及是否侵犯他人权益等多个方面综合判断。以下是对这些方面的详细分析：

1. 建筑结构安全：

   • 分析：住宅门窗的改造若涉及建筑主体结构或承重结构的变动，如拆除承重墙、改变门窗位置导致结构受力变化等，则可能危及建筑安全，这种改造通常是不合法的。
   • 建议：在进行门窗改造前，应咨询专业结构工程师或建筑师，评估改造对建筑结构安全的影响，并确保改造方案符合建筑安全标准。

2. 物业管理规定：

   • 分析：许多住宅小区或商业综合体都有物业管理规定，对业主或租户的装修行为进行规范。若门窗改造违反了物业管理规定，如未经允许擅自改变外立面、影响小区整体美观等，则可能面临物业的制止或处罚。
   • 建议：在进行门窗改造前，应仔细阅读物业管理规定，了解改造的限制和要求，并提前向物业申请报备，获得批准后再进行改造。

3. 相关审批手续：

   • 分析：根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，进行建筑外立面改造或涉及建筑结构变动的装修，可能需要获得城乡规划部门或相关主管部门的审批。若未获得审批擅自进行改造，则可能构成违法建设。
   • 建议：在进行门窗改造前，应咨询当地城乡规划部门或相关主管部门，了解改造是否需要审批以及审批流程，确保改造合法合规。

4. 侵犯他人权益：

   • 分析：若门窗改造影响了相邻业主的通风、采光、隐私等权益，或造成了噪音、灰尘等污染，则可能构成对他人权益的侵犯，引发邻里纠纷或法律诉讼。
   • 建议：在进行门窗改造前，应与相邻业主进行沟通协商，确保改造不会对他人造成不良影响。若可能产生争议，可提前签订书面协议，明确双方的权利和义务。

特殊情况说明：

• 若门窗改造仅涉及室内部分的非承重结构变动，如更换门窗框、玻璃等，且不影响建筑结构安全、不违反物业管理规定、不需要获得相关审批、也不侵犯他人权益，则这种改造通常是合法的。

后续行动建议：

• 在进行门窗改造前，建议业主或租户先咨询专业律师或相关主管部门，了解改造的法律要求和限制，确保改造合法合规。
• 若在改造过程中遇到纠纷或问题，可及时寻求法律帮助，维护自身合法权益。

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