在盗窃案件中，犯罪嫌疑人使用的手机是否会被没收，这主要取决于手机与案件的关联性以及法律的具体规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
手机作为作案工具的情况：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于与案件直接相关的物品，如作案工具，公安机关有权进行查封、扣押。手机如果被用作盗窃的通讯工具、定位工具或存储盗窃信息等，那么它很可能被视为作案工具。
- 实际操作：在这种情况下，公安机关在侦查阶段会依法扣押手机，作为证据进行保全。手机可能会被送往鉴定机构进行技术鉴定，以提取与案件相关的信息。如果手机确实被用作作案工具，那么在案件审理过程中，它可能会作为物证被提交给法庭。
手机与案件无直接关联的情况：
- 法律依据：如果手机并非盗窃案件的作案工具，也未存储与案件直接相关的信息，那么根据法律原则，个人财产不应被无故扣押。
- 实际操作：在这种情况下，犯罪嫌疑人或其家属有权要求公安机关返还手机。如果公安机关拒绝返还，犯罪嫌疑人或其家属可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向检察机关提出申诉或向法院提起行政诉讼。
手机作为个人隐私载体的特殊情况：
- 隐私保护：手机作为个人隐私的重要载体，其内部存储的信息可能涉及个人隐私、商业秘密等敏感内容。因此，在扣押手机时，公安机关应严格遵守法律程序，确保个人隐私不被侵犯。
- 法律程序：如果公安机关需要查看手机内部信息，应依法取得搜查证或相关授权，并在查看过程中遵守保密义务。如果手机被扣押后，犯罪嫌疑人或其家属对手机内部信息的保密性有担忧，可以要求公安机关采取相应措施保护个人隐私。
法律建议：
- 对于犯罪嫌疑人：如果手机被扣押，应积极配合公安机关的调查工作，同时有权要求公安机关说明扣押手机的理由和依据。如果认为手机与案件无直接关联或个人隐私受到侵犯，可以通过法律途径维护自己的合法权益。
- 对于犯罪嫌疑人家属：如果家属对手机被扣押有疑问或担忧，可以及时向公安机关了解情况，并要求公安机关出具相关法律文书。如果认为公安机关的行为违法或不当，可以向检察机关提出申诉或向法院提起行政诉讼。
可能后果：
- 如果手机被认定为作案工具并被扣押，那么在案件审理过程中，它可能会作为物证被提交给法庭，对犯罪嫌疑人的定罪量刑产生影响。
- 如果手机与案件无直接关联但被无故扣押，犯罪嫌疑人或其家属有权要求公安机关返还手机，并可能因此获得相应的法律救济。
总之，在盗窃案件中，犯罪嫌疑人使用的手机是否会被没收取决于手机与案件的关联性以及法律的具体规定。如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。