针对您提出的“单位两套公章内容一样但字体不一样是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们需要明确的是，公章作为单位的重要标识，其制发、使用和管理都受到严格的法律法规约束。根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》（国发〔1999〕25号）的相关规定，我们可以了解到以下几点关键信息：

1. 公章的规格和样式：

   • 公章应为圆形，中央刊国徽或五角星。
   • 不同级别的单位，其公章的直径、中央图案以及外刊机关名称的排列方式都有具体规定。

2. 公章的制发：

   • 公章的制发应由具有相应权限的机关进行，如国务院、省、自治区、直辖市人民政府等。
   • 制发公章时，应严格遵守规定的程序和审批手续。

3. 公章的字体：

   • 规定中明确提到，印章所刊汉字，应当使用国务院公布的简化字体为宋体。
   • 这意味着，在正常情况下，单位公章的字体应该是统一的，即使用宋体。

现在，我们回到您的问题上来。如果单位有两套公章，内容一样但字体不一样，这显然与上述规定中的“使用宋体”这一要求相悖。虽然规定中并未直接说明字体不同是否构成违法，但我们可以从以下几个方面进行推理：

• 合规性角度：公章作为单位的重要法律文件签署工具，其合规性至关重要。使用非规定的字体可能会引发对公章真实性的质疑，进而影响单位在法律事务中的信誉和地位。
• 管理角度：单位内部应建立严格的公章管理制度，确保公章的唯一性和一致性。如果存在两套字体不同的公章，可能会给单位的管理带来混乱和风险。
• 法律风险角度：如果因为公章字体问题而引发法律纠纷或争议，单位可能会面临不必要的法律风险和损失。

综上所述，虽然规定中并未直接说明字体不同是否违法，但从合规性、管理和法律风险等角度来看，单位使用两套内容一样但字体不同的公章是不合适的。建议您单位尽快对公章进行统一管理和规范使用，确保公章的合规性和一致性。如果确实需要使用不同样式的公章（如特殊用途的公章），应严格按照相关规定进行申请和审批，并确保其合法性和合规性。