微信发放工资的合法性需根据具体情况判断，在双方协商一致、符合法律法规，并能确保工资支付记录的准确性和可追溯性的前提下，微信发工资是合法的。然而，若违反相关规定或存在税务风险等问题，则可能被认定为不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
双方协商一致：
- 如果公司与员工经过充分沟通，共同同意采用微信作为工资发放方式，并且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放，这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。
符合支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。微信支付作为一种电子支付方式，技术上满足货币支付的要求。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》及国内各省市地区发布的工资条例规定，用人单位应按时足额给员工发放工资，但并未明确规定具体支付方式。因此，若双方达成协议，且支付过程安全可追溯，微信发工资可视为合法。
临时应急处理：
- 在特殊情况下，如公司财务系统故障或银行转账受阻时，为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，采用微信方式应急发放工资，这种做法通常也是被允许的。
需要注意的问题与风险
举证困难：
- 若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，以便在必要时提供证据。
记录有效性：
- 微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。
系统故障风险：
- 微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。公司应建立应急预案，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。
税务风险：
- 通过微信发放工资可能不利于税务监管，公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。
行业或地区规定：
- 部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异，公司应遵守当地的相关规定进行工资发放。
合法合规性建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。
选择对公账户：
- 为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。
增强法律意识：
- 劳动者也应关注自己的工资支付方式，确保权益得到保障。在签订劳动合同时，应明确工资支付方式及相关条款。
法律咨询与合规审查：
- 在采用任何非传统工资支付方式前，建议公司咨询专业法律意见，进行合规性审查，以防范潜在的法律风险。
综上所述，微信发放工资的合法性需综合考虑多种因素。在确保操作合规、妥善处理可能出现的问题，并充分保障劳动者权益的前提下，微信发工资是可以被视为一种合法的支付方式。但为避免潜在的法律风险和管理问题，建议公司优先考虑通过银行转账等正式渠道发放工资。如果您在工资发放方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。