超过政府定价收费的处罚主要依据相关法律法规进行，具体处罚措施包括责令改正、没收违法所得、罚款等，情节严重的还可能面临停业整顿或吊销营业执照的处罚。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国价格法》第三十九条的规定，经营者不执行政府指导价、政府定价以及法定的价格干预措施、紧急措施的，责令改正，没收违法所得，可以并处违法所得五倍以下的罚款；没有违法所得的，可以处以罚款；情节严重的，责令停业整顿。
- 同时，《价格违法行为行政处罚规定》第九条也明确规定了，经营者不执行政府指导价、政府定价，有特定行为（如超出政府指导价浮动幅度制定价格、高于或者低于政府定价制定价格等）的，责令改正，没收违法所得，并处违法所得5倍以下的罚款；没有违法所得的，处5万元以上50万元以下的罚款，情节较重的处50万元以上200万元以下的罚款；情节严重的，责令停业整顿。
处罚措施的具体应用：
- 责令改正：这是对违法行为的初步纠正措施，要求经营者立即停止超过政府定价收费的行为，并调整价格至合法范围。
- 没收违法所得：对于因超过政府定价收费而获得的额外收入，相关部门将依法予以没收。
- 罚款：根据违法所得的多少或违法情节的严重程度，相关部门将对经营者处以不同额度的罚款。罚款额度可能从违法所得的几倍到几十倍不等，或者在没有违法所得的情况下，直接处以一定额度的罚款。
- 停业整顿或吊销营业执照：对于情节严重的违法行为，相关部门有权责令经营者停业整顿，甚至吊销其营业执照，以彻底消除其违法经营的能力。
实际案例与执法趋势：
- 在实际执法过程中，相关部门会根据经营者的违法情节、社会影响等因素，综合考量后作出处罚决定。例如，对于多次违法或情节严重的经营者，相关部门可能会从重处罚。
- 同时，随着法治建设的不断完善和消费者权益保护意识的提高，相关部门对价格违法行为的打击力度也在不断加大。因此，经营者应严格遵守政府定价和指导价的规定，避免触犯法律红线。
温馨提示：作为经营者，务必密切关注政府定价和指导价的动态变化，及时调整自身价格策略，确保合法合规经营。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。