政府招商引资协议中约定对招商项目进行装修补助，这一做法本身并不违法，但具体合法性需结合协议内容、相关法律法规及政策进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
协议内容合法性：
- 招商引资协议作为政府与企业之间的民事合同，其内容应当遵循《民法典》中关于合同的规定，包括但不限于合同自由原则、公平原则、诚实信用原则等。
- 装修补助作为协议中的一项条款，只要其不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益或第三人合法权益，且是双方真实意思的表示，那么该条款就是合法的。
相关法律法规及政策：
- 政府在招商引资过程中，通常会出台一系列优惠政策以吸引企业投资。这些政策可能包括税收减免、土地使用优惠、装修补助等。只要这些政策符合法律法规的规定，且政府有权制定并执行此类政策，那么协议中的装修补助条款就是合法的。
- 需要注意的是，政府给予装修补助可能涉及财政资金的支出，因此必须确保该支出符合财政预算管理的相关规定，不得擅自扩大支出范围或提高支出标准。
实际操作中的注意事项：
- 政府在与企业签订招商引资协议时，应明确装修补助的具体条件、标准、支付方式等，以避免后续产生纠纷。
- 企业应确保自身符合协议中约定的条件，如按时完成装修、达到一定的投资规模等，以便顺利获得装修补助。
- 双方应保留好相关证据，如协议文本、支付凭证、装修验收报告等，以备不时之需。
可能的法律后果：
- 如果协议中的装修补助条款违反了法律法规的强制性规定或损害了国家、社会公共利益或第三人合法权益，那么该条款可能被认定为无效。
- 如果政府未按照协议约定支付装修补助，企业有权要求政府履行合同义务或承担违约责任。
- 如果企业未按照协议约定完成装修或达到投资规模等条件，政府有权拒绝支付装修补助或要求企业返还已支付的补助。
建议：在签订招商引资协议前，政府和企业应充分了解相关法律法规及政策，确保协议内容合法合规。如有需要，可以咨询专业律师或法律机构进行法律审查，以降低法律风险。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的解答。