针对您提出的“乙方如果违法甲方制度规定如何进行罚款考核”的问题，这主要涉及到合同行政监督管理以及用人单位规章制度中罚款内容的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同行政监督管理方面
法律依据：
- 根据《合同行政监督管理办法》等相关法律法规，市场监督管理部门负责合同行政监督管理工作，旨在维护市场经济秩序，保护国家利益、社会公共利益和消费者合法权益。
违法行为的处理：
- 如果乙方（经营者）在合同订立或履行过程中违反了法律法规或甲方的制度规定，且这些规定不违反法律、行政法规的强制性规定，市场监督管理部门有权依法进行查处。
- 查处措施可能包括责令限期改正、给予警告，并可以处以罚款（如《合同行政监督管理办法》第十八条规定，可处十万元以下罚款）。但具体罚款金额和处罚措施需根据违法行为的性质、情节及后果等因素综合确定。
罚款的合法性：
- 罚款作为一种行政处罚，必须依法进行，且罚款的设定和实施需符合法律、行政法规的规定。
- 甲方在制度中规定的罚款内容，如果未经法律、行政法规授权，可能不具有合法性，无法作为对乙方进行罚款的依据。
二、用人单位规章制度中罚款内容的规定
规章制度的合法性：
- 用人单位（甲方）的规章制度必须符合法律、行政法规的规定，且不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果规章制度中规定了罚款内容，需确保该规定不违反法律、行政法规的强制性规定，且已通过民主程序制定并公示或告知劳动者。
罚款的实施：
- 即使规章制度中规定了罚款内容，用人单位在实施罚款时也需谨慎。因为根据现行劳动法律法规，用人单位并非行政执法机关，无权对劳动者进行罚款（除非法律、行政法规明确授权）。
- 在实践中，用人单位更倾向于通过绩效考核、扣减奖金等方式来约束劳动者的行为，而非直接罚款。
劳动者的救济途径：
- 如果劳动者认为用人单位的罚款行为违法或侵犯了其合法权益，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、针对您问题的具体建议
审查甲方制度规定的合法性：
- 乙方应首先审查甲方制度中关于罚款的规定是否合法、合规。如果规定不合法或侵犯了乙方的合法权益，乙方有权拒绝执行。
与甲方协商沟通：
- 如果乙方认为甲方的罚款规定不合理或存在争议，可以与甲方进行协商沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律救济：
- 如果协商无果且乙方认为甲方的罚款行为违法或侵犯了其合法权益，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，乙方如果违法甲方制度规定，甲方不能随意进行罚款考核。罚款必须依法进行，且需符合法律、行政法规的规定。如果甲方制度中的罚款规定不合法或侵犯了乙方的合法权益，乙方有权拒绝执行并寻求法律救济。