未在破产重整程序中申报的债权，原则上不能通过起诉确权，但存在例外情形。以下从不同角度为你详细分析：

法律程序层面

1. 申报债权是参与破产程序的前提 根据《企业破产法》规定，债权人应当在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权。未依法申报债权的，在破产程序中不得行使权利。这是为了保障破产程序的顺利进行，确保所有债权人的权益能够得到公平、有序的处理。例如，在重整计划执行期间，债权人未申报债权，就无法参与重整计划草案的表决，也不能按照重整计划获得清偿。
2. 起诉确权缺乏法律依据 在破产重整结束后，如果债权人未申报债权，一般情况下不能直接向法院起诉要求确权。因为破产程序是一个集中清理债权债务的特殊程序，债权债务的确认和清偿都应当在该程序中完成。一旦破产重整程序终结，企业的财产分配已经按照重整计划执行完毕，此时再允许个别债权人通过起诉确权并要求清偿，会破坏破产程序的公平性和稳定性，损害其他债权人的利益。

例外情形

1. 补充申报债权 虽然债权人在规定的申报期限内未申报债权，但在破产财产最后分配前，仍然可以向管理人补充申报债权。不过，此前已进行的分配，不再对其补充分配。为审查和确认补充申报债权的费用，由补充申报人承担。例如，债权人因不可抗力等正当理由未能在申报期限内申报债权，在破产财产最后分配前发现了该情况，就可以向管理人补充申报债权，经管理人审查确认后，按照重整计划的规定参与分配。
2. 恶意隐瞒债权 如果债务人存在恶意隐瞒债权的情况，导致债权人未能及时申报债权，债权人可以在发现该情况后，向法院提起诉讼，要求确认债权并参与分配。但债权人需要承担举证责任，证明债务人存在恶意隐瞒的行为。例如，债务人在破产重整前与他人串通，将部分财产转移至他人名下，以逃避债务，债权人发现后可以起诉要求确认对该部分财产的债权。

实务建议

1. 及时关注破产信息 债权人应当密切关注债务人的破产动态，及时了解债权申报的期限和方式等信息，在规定的时间内申报债权，以保障自己的合法权益。
2. 保留相关证据 如果债权人因特殊原因未能及时申报债权，应当保留好相关证据，如不可抗力的证明、债务人恶意隐瞒的证据等，以便在后续的补充申报或诉讼中使用。
3. 咨询专业律师 破产程序涉及复杂的法律问题和程序，债权人在处理相关事务时，可以咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。

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