结论：流转的土地上修建的农业用房能否用作公司住所，需根据土地流转的性质、用途以及相关法律法规的具体规定来判断，一般情况下，若流转土地为农业用途且相关法规及合同未明确禁止，农业用房在符合一定条件下可能用作公司住所，但需谨慎操作并履行相关手续。以下从不同角度进行详细分析：
一、土地流转性质与用途
农业用途流转：
- 若土地流转是出于农业用途，如种植、养殖等，且流转合同中未明确禁止在土地上修建的农业用房用于非农业用途（如作为公司住所），那么从合同自由的角度来看，理论上存在将农业用房用作公司住所的可能性。
- 但需注意，即使合同未明确禁止，也需确保该用途不违反土地管理法、城乡规划法等相关法律法规中关于土地用途的规定。
非农业用途流转：
- 若土地流转本身就是为了非农业用途，如工业、商业等，且流转合同中明确允许或未禁止在土地上修建的建筑用于公司住所，那么将农业用房（若实际为按非农业用途修建）用作公司住所则更为合法合规。
- 然而，在实际情况中，农业用房往往按照农业用途设计，可能不符合非农业用途的建筑标准，因此需进行改造或重新修建，并确保符合相关规划、消防、环保等要求。
二、相关法律法规规定
土地管理法：
- 土地管理法对土地用途有严格规定，农业用地不得擅自改变用途用于非农业建设。因此，若要将农业用房用作公司住所，需确保该用途变更符合土地管理法的规定，如通过土地用途变更审批等程序。
城乡规划法：
- 城乡规划法对建筑物的用途、规划等有具体规定。将农业用房用作公司住所，需确保该建筑物符合城乡规划的要求，如建筑密度、容积率、绿化率等，并取得相应的规划许可。
公司法及相关登记规定：
- 公司法及相关登记规定对公司住所的设立有具体要求，如需提供房屋产权证明、租赁合同等文件。因此，在将农业用房用作公司住所时，需确保能够提供符合要求的证明文件，并履行相关的登记手续。
三、实际操作建议
审查流转合同：
- 仔细审查土地流转合同，明确合同中关于土地用途、建筑物用途的约定，以及是否有禁止或限制将农业用房用作公司住所的条款。
咨询相关部门：
- 在决定将农业用房用作公司住所前，建议咨询当地土地管理部门、城乡规划部门以及市场监管部门等，了解相关法律法规的具体要求以及实际操作中的可行性。
履行相关手续：
- 若符合相关法律法规的规定，且得到相关部门的同意，需履行土地用途变更审批、规划许可申请、公司住所登记等手续，确保合法合规。
谨慎操作：
- 由于涉及土地用途变更、建筑物用途变更等复杂问题，建议谨慎操作，避免因违反相关法律法规而面临处罚或法律纠纷。
总结：流转的土地上修建的农业用房能否用作公司住所，需综合考虑土地流转的性质、用途以及相关法律法规的具体规定。在符合相关要求并履行相关手续的前提下，可能存在将农业用房用作公司住所的可能性。但鉴于该问题的复杂性，建议在实际操作前咨询专业律师或相关部门，以确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。