结论：自然人联合建房后，能否依据分房协议办理产权登记，需视具体情况而定，主要取决于分房协议的合法性、有效性以及是否符合相关法律法规的规定。

分析说明：

1. 分房协议的合法性：

   • 分房协议作为自然人之间就联合建房后房屋分配达成的协议，其合法性是办理产权登记的基础。协议内容必须真实、合法，不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益。
   • 若分房协议存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，导致协议无效或可撤销，则无法依据该协议办理产权登记。

2. 分房协议的有效性：

   • 除了合法性外，分房协议还需具备有效性。这要求协议双方具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且协议内容明确、具体，具有可执行性。
   • 若协议存在模糊不清、条款缺失或存在歧义等情况，可能影响其有效性，进而影响产权登记的办理。

3. 符合相关法律法规的规定：

   • 办理产权登记还需符合相关法律法规的规定。例如，根据《不动产登记暂行条例》等相关法律法规，办理产权登记需要提交一系列材料，包括但不限于购房合同、身份证明、税费缴纳证明等。
   • 对于联合建房的情况，可能还需要提供联合建房协议、规划许可证、施工许可证等相关材料。若分房协议与这些法律法规或材料要求不符，则可能无法办理产权登记。

特殊场景下的考虑：

• 若联合建房涉及土地使用权问题：如土地使用权为共有或存在其他限制条件，则需在分房协议中明确土地使用权的分配方式，并确保符合土地管理法律法规的规定。否则，可能因土地使用权问题而无法办理产权登记。
• 若联合建房涉及规划、建设等审批手续：如未取得相应的规划许可证、施工许可证等审批手续，则联合建房行为可能被视为违法建设，进而影响产权登记的办理。在此情况下，即使签订了分房协议，也无法依据该协议办理产权登记。

行动建议：

• 审查分房协议：在办理产权登记前，应仔细审查分房协议的合法性和有效性，确保协议内容真实、合法、明确且具有可执行性。
• 准备相关材料：根据相关法律法规的要求，准备齐全办理产权登记所需的所有材料，包括但不限于购房合同、身份证明、税费缴纳证明、联合建房协议、规划许可证、施工许可证等。
• 咨询专业律师：若对分房协议或产权登记流程存在疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。