结论：法定节假日值班后调休，是否会扣三薪，这主要取决于具体的法律规定以及用人单位的规章制度或劳动合同中的约定。一般情况下，如果调休安排合理且符合法律规定，是不会扣三薪的；但如果调休安排不合理或违反了法律规定，则可能涉及三薪的支付问题。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者在法定节假日工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，即通常所说的“三薪”。这是法律对劳动者在法定节假日工作的特殊补偿。
二、调休与三薪的关系
调休合法且合理：
- 如果用人单位在法定节假日安排劳动者工作，并在之后安排了合理的调休，且调休期间支付了正常的工资，那么根据法律规定和劳动实践，这种情况下通常不会额外支付三薪。因为调休本身已经是对劳动者在法定节假日工作的补偿。
调休不合法或不合理：
- 如果用人单位未安排调休，或者调休安排不合理（如调休时间过长、调休期间工资支付不足等），那么劳动者有权要求用人单位支付法定节假日的三薪。
- 另外，如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了法定节假日工作必须支付三薪，且未提及调休可以替代三薪，那么即使安排了调休，用人单位也应支付三薪。
三、实际操作建议
查看劳动合同和规章制度：
- 劳动者应首先查看自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解其中关于法定节假日工作、调休和三薪支付的具体规定。
与用人单位协商：
- 如果对调休和三薪支付有疑问或不满，劳动者可以与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况说明
- 在某些特殊行业或岗位（如医疗、交通、公共安全等），由于工作性质的特殊性，可能无法安排调休。在这种情况下，用人单位应依法支付三薪。
- 如果劳动者在法定节假日工作后，因个人原因无法接受调休，且用人单位已明确告知调休是替代三薪的补偿方式，那么劳动者可能无法要求额外支付三薪。
最后，法定节假日值班后调休是否会扣三薪，取决于具体的法律规定、用人单位的规章制度以及劳动合同中的约定。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。