结论：判决书确认的债权被冻结后，依然可以申请执行，执行程序会依据冻结情况及相关法律规定进行相应处理。以下为你详细阐述：

债权被冻结不影响申请执行

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，生效法律文书（如判决书）确认的债权具有强制执行力。债权被冻结只是对该债权的一种保全措施，目的是防止债务人转移财产，保障将来判决的执行，并不影响债权人依据生效判决书申请强制执行的权利。
2. 实际操作：债权人可以在判决书规定的履行期限届满后，向有管辖权的人民法院提交强制执行申请书，同时附上生效判决书、申请执行人的身份证明等相关材料，启动执行程序。法院受理执行申请后，会依法向被执行人发出执行通知，责令其履行义务。

执行程序对冻结债权的处理方式

1. 执行法院与冻结法院的协调
   • 同一法院情况：如果冻结债权和执行申请都在同一法院，执行法官会直接依据冻结情况开展执行工作。例如，若冻结的是银行存款，执行法官会直接扣划该存款至法院账户，用于清偿债务。
   • 不同法院情况：若冻结法院和执行法院不同，根据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》，执行法院可以与冻结法院协商处理。一般情况下，执行法院会要求冻结法院将冻结的财产移交执行法院处理，或者由冻结法院在解除冻结后，由执行法院进行冻结和执行。
2. 对不同类型冻结债权的执行
   • 银行存款冻结：执行法院可以直接向银行发出协助执行通知书，要求银行将冻结账户内的资金划拨至法院指定账户，用于偿还债务。如果冻结账户内的资金不足以清偿全部债务，执行法院会继续查找被执行人的其他财产线索。
   • 股权冻结：执行法院可以依法对被冻结的股权进行拍卖、变卖。在拍卖、变卖过程中，需要遵循相关法律法规和程序，保障其他股东的优先购买权等合法权益。拍卖、变卖所得价款用于清偿债务。
   • 应收账款冻结：执行法院可以向第三债务人（即欠被执行人款项的单位或个人）发出履行到期债务通知书，要求第三债务人直接向申请执行人履行债务。如果第三债务人在指定期限内没有提出异议且又不履行的，执行法院有权裁定对其强制执行。

特殊情况处理

1. 冻结期限届满：如果冻结期限届满，而执行程序尚未结束，债权人需要及时向法院申请续行冻结。否则，冻结措施将自动解除，被执行人可能会转移财产，影响债权的实现。
2. 案外人对冻结债权提出异议：在执行过程中，案外人可能会对冻结的债权提出异议，认为该债权归其所有。此时，执行法院会依法对异议进行审查。如果异议成立，执行法院会裁定中止对该债权的执行；如果异议不成立，执行法院会驳回异议，继续执行。

在处理判决书确认的债权被冻结后的执行问题时，情况较为复杂，如果你有具体的案件情况或进一步的问题，欢迎随时向我咨询。