结论是：亲子鉴定在两个人不在一起的情况下，依然是可以进行的。以下是详细解释和多种情况的分析：
一、法律基础与原则
亲子鉴定，作为确定亲子关系的一种科学手段，其法律基础主要在于保障当事人的合法权益，特别是未成年人的权益，以及维护家庭关系的稳定。在法律上，亲子鉴定并不要求双方必须同时在场或处于同一地点进行。只要遵循法定程序，确保样本的真实性和合法性，亲子鉴定就可以有效进行。
二、具体操作方式
样本采集与送检：
- 在双方不在一起的情况下，可以分别在不同地点采集样本，如血液、毛发、口腔拭子等。
- 采集样本时，应确保采集过程的无菌、安全，并遵循相关操作规范，以避免样本污染或损坏。
- 采集后的样本应妥善保存，并尽快送至具有资质的亲子鉴定机构进行检测。
鉴定机构的选择：
- 应选择具有合法资质、技术先进、信誉良好的亲子鉴定机构进行鉴定。
- 可以通过查询相关机构的资质证书、业务范围、用户评价等信息，来评估其可靠性和专业性。
法律程序与结果认定：
- 亲子鉴定机构在收到样本后，会按照法定程序进行检测，并出具鉴定报告。
- 鉴定报告应包含鉴定结论、检测方法、样本信息等内容，并由鉴定人签名或盖章确认。
- 在法律程序中，亲子鉴定报告通常作为重要证据使用，其结论具有法律效力。
三、特殊情况下的处理
一方拒绝配合：
- 如果一方拒绝配合进行亲子鉴定，另一方可以依法向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑双方提供的证据、陈述以及亲子鉴定的必要性等因素，来作出判决。
跨国或跨地区鉴定：
- 在跨国或跨地区的情况下，亲子鉴定可能涉及不同国家的法律体系和鉴定标准。
- 此时，应咨询具有跨国法律服务经验的律师或亲子鉴定机构，以确保鉴定的合法性和有效性。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 在进行亲子鉴定前，应充分了解相关法律法规和程序要求，确保鉴定的合法性和有效性。
- 如果可能的话，最好在律师的指导下进行亲子鉴定，以更好地维护自己的合法权益。
风险提示：
- 亲子鉴定结果可能对家庭关系产生重大影响，因此在进行鉴定前应充分考虑其可能带来的后果。
- 如果鉴定结果不符合预期或引发争议，应及时寻求法律帮助，通过合法途径解决纠纷。
最后，亲子鉴定在两个人不在一起的情况下是可以进行的。只要遵循法定程序、选择合法机构、确保样本的真实性和合法性，就可以得出具有法律效力的鉴定结论。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。