年休假一般不扣底薪也不扣全勤奖，以下从法律规定、企业常见做法及特殊情况三个方面为你详细分析：

法律规定层面

• 《职工带薪年休假条例》明确规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这表明年休假是职工的法定权利，休假期间应视为正常出勤，工资应全额发放，全勤奖作为基于正常出勤的奖励，也不应受到影响。
• 《企业职工带薪年休假实施办法》也强调了用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工年休假天数少于应休年休假天数的，应当按照规定支付未休年休假工资报酬，但并未提及会影响全勤奖或底薪的发放。

企业常见做法层面

• 多数正规企业会将年休假纳入全勤考核范围，只要职工在规定的时间内按照流程申请并获批年休假，且在休假前后无迟到、早退、旷工等其他违反考勤制度的行为，就会发放全勤奖，底薪也照常发放。例如，某互联网公司制定了详细的考勤管理制度，其中明确规定员工依法享受的年休假、婚假、产假等法定假期均不计入缺勤天数，不影响全勤奖的评定和底薪的发放。
• 部分企业可能会在规章制度中对全勤奖的评定条件进行细化说明，但只要符合法律法规的要求，通常也不会将年休假作为扣除全勤奖或底薪的理由。比如，一家制造业企业在其员工手册中规定，全勤奖是指在一个月内除法定节假日和经批准的年假、病假外，无其他缺勤情况的员工可获得相应奖励，底薪则不受影响。

特殊情况层面

• 如果企业的规章制度或劳动合同中有特别约定，在某些极端情况下可能会影响全勤奖或底薪的发放。但这种约定不能违反法律法规的强制性规定，且需要在签订劳动合同时向劳动者明确告知。例如，某小型创业公司为了鼓励员工在业务旺季全身心投入工作，在与员工协商一致的情况下，在劳动合同中约定在特定业务高峰期（如每年的11 - 12月）内休年休假可能会影响当月的全勤奖，但底薪仍需全额发放。不过这种情况相对较少见，并且需要确保员工的合法权益不受侵害。

总结与建议：

1. 一般情况下，年休假是职工的法定权利，休假期间应视为正常出勤，工资应全额发放，全勤奖也不应受到影响。
2. 如果企业有特别约定，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，并已向劳动者明确告知，那么可能会影响全勤奖的发放，但底薪仍需全额发放。
3. 建议：在签订劳动合同时，仔细阅读合同条款和企业的规章制度，了解年休假、全勤奖和底薪的相关规定。如有疑问或发现企业存在违法行为，可及时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。