手机在非法经营罪案件中被扣后，是否能拿回来，需视具体情况而定。以下是从不同角度为你详细分析的情况：
一、手机作为证据的情况
- 若手机被作为证据使用：
- 在非法经营罪案件中，如果手机被用作犯罪工具或存储了与犯罪相关的证据（如交易记录、聊天记录等），那么手机可能会被公安机关依法扣押，并作为证据提交给检察院和法院。
- 在这种情况下，手机通常会在案件审理结束后，根据法院的判决来决定是否返还。如果手机被认定为犯罪工具，可能会被没收；如果手机只是作为证据使用，且不影响案件审理，那么在案件结束后，手机有可能会被返还给原主人。
二、手机与案件无关的情况
- 若手机与案件无关：
- 如果手机并未被用作犯罪工具，也没有存储与犯罪相关的证据，那么公安机关在扣押后，应当及时返还给原主人。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对查封、扣押的财物、文件，应当会同在场见证人和被查封、扣押财物、文件持有人查点清楚，当场开列清单一式二份，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。如果手机与案件无关，公安机关应当及时解除扣押，并返还给原主人。
三、手机返还的流程
- 返还流程：
- 在案件审理结束后，如果手机需要返还，通常会由公安机关通知原主人前来领取。
- 原主人在领取手机时，需要提供相关的身份证明和扣押清单等文件，以证明其身份和手机的归属。
- 如果手机在扣押期间有损坏或丢失的情况，原主人有权要求公安机关进行赔偿或解释。
四、特殊情况下的处理
- 特殊情况：
- 如果手机被扣押后，案件涉及多个犯罪嫌疑人或被告人，且手机可能作为多个案件的证据使用，那么手机的返还时间可能会延长，直到所有相关案件都审理完毕。
- 如果手机被扣押后，原主人对扣押行为有异议，可以通过法律途径提起申诉或复议，要求公安机关解除扣押并返还手机。
建议：
- 如果你或你的亲友的手机在非法经营罪案件中被扣押，建议及时与公安机关沟通，了解手机被扣押的原因和可能的返还时间。
- 如果手机与案件无关，你可以向公安机关提出书面申请，要求返还手机，并提供相关的身份证明和扣押清单等文件。
- 如果对公安机关的扣押行为有异议，或者手机在扣押期间有损坏或丢失的情况，你可以考虑咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。