针对政府未确定集体企业指导部门的情况，企业可采取以下措施依法应对：

1. 核查地方性法规与政策文件
   根据《城镇集体所有制企业条例》第8条，集体企业的管理主体通常由地方政府根据实际情况确定（如工信部门、国资监管机构或乡镇政府等）。企业应首先查阅所在省、市出台的集体企业改革或管理相关文件，部分地区可能通过规范性文件明确指导部门职责。例如，部分省份将集体企业划归国资委下属的集体资产管理中心管理，或由工信部门负责行业指导。

2. 通过行政程序推动部门确认
   若地方性法规未明确指导部门，企业可向当地政府提交书面申请，要求明确主管部门。申请时需附企业章程、历史沿革文件等材料，说明企业性质及管理需求。根据《政府信息公开条例》，企业有权要求政府公开集体企业管理职责的划分依据，以此推动部门确认。若政府未在法定期限内答复，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 临时性管理方案与风险防控
   在部门未明确前，企业可采取以下措施降低风险：

   • 内部治理：依据《企业法人登记管理条例》，确保企业登记信息与实际管理情况一致，避免因“无主管单位”导致登记失效；
     
   • 合同管理：在对外签署合同时，明确约定争议解决条款（如仲裁或诉讼管辖地），减少因主管部门缺失导致的合同履行风险；
     
   • 资产监管：对集体资产建立内部台账，定期审计，防止资产流失。若涉及重大资产处置，可要求全体职工代表或职工大会审议通过。
     

4. 寻求上级政府或专项工作组协助
   若地方政府长期未明确指导部门，企业可向上级政府（如市级、省级政府）提交书面报告，说明企业面临的经营困难（如无法办理年检、政策申请受阻等），请求协调解决。部分地区可能设立集体企业改革专项工作组，企业可主动联系并提交材料，争取纳入改革范围。

提示：集体企业管理涉及地方政策差异较大，建议企业根据自身所在地区、行业性质（如手工业、轻工业等）进一步细化应对方案。若有具体文件或事件需要分析，可直接向我提供细节，我将结合法律条文与实务经验为您解读。