结论：二审开始时只有一个法官出庭，快结束时才有三名法官出庭，这种做法是否合法，需根据具体审理阶段和案件性质来判断。在二审的法庭调查、辩论等关键阶段，通常应由合议庭（一般由三名法官组成）共同审理；若仅在程序性事项或初步审查时由一名法官主持，后续关键阶段由合议庭审理，则可能是合法的。
详细分析：
二审审理的组织形式：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，二审法院审理案件，通常应当组成合议庭进行。合议庭由审判员三人或者审判员和人民陪审员共三人或者七人组成。这意味着，在二审的正式审理阶段，如法庭调查、辩论等，应当有三名法官（或法官与人民陪审员）共同参与。
可能存在的合法情形：
- 程序性事项处理：在二审开始时，如果仅涉及一些程序性事项，如宣布开庭、核对当事人身份、告知权利义务等，这些可能由一名法官（如审判长或主审法官）主持进行。但这并不意味着整个二审过程都仅由一名法官审理。
- 初步审查或调解：在某些情况下，二审法院可能会先进行初步审查或尝试调解，这一阶段也可能由一名法官负责。然而，如果案件需要进入正式的法庭调查和辩论阶段，则必须由合议庭共同审理。
可能存在的非法情形：
- 全程仅由一名法官审理：如果二审法院在整个审理过程中，包括法庭调查、辩论等关键阶段，都仅由一名法官进行，而没有组成合议庭，那么这种做法显然是违法的。因为这违反了二审应当组成合议庭进行审理的法律规定。
实际操作中的注意事项：
- 当事人有权要求合议庭审理：如果当事人在二审过程中发现审理仅由一名法官进行，且涉及关键阶段，有权向法院提出异议，要求组成合议庭进行审理。
- 关注审理过程记录：当事人应仔细关注庭审记录，确保审理过程符合法律规定。如果发现违法情形，可以在后续的法律程序中提出申诉或上诉。
建议：
- 如果您在二审过程中遇到类似情况，首先应当确认审理的具体阶段和内容。如果仅涉及程序性事项或初步审查，且后续关键阶段将由合议庭审理，那么可能是合法的。
- 如果您对整个审理过程仅由一名法官进行存在疑虑，或者发现审理过程存在违法情形，建议及时向法院提出异议，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师（如我）以维护自己的合法权益。
如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。