结论：装修租入的房屋然后抵租金是否合法，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及双方协商的结果。若合同中有明确约定或双方达成一致，则可能合法；若无约定或协商不成，则可能不合法。

分析说明：

1. 合同约定优先：

   • 在租赁关系中，合同是双方权利义务的基础。如果租赁合同中明确约定了承租人可以对房屋进行装修，并且装修费用可以抵扣租金，那么这种做法就是合法的。
   • 反之，如果合同中没有这样的约定，或者约定了装修需经出租人同意且未提及装修费用抵扣租金的事宜，那么承租人单方面决定装修并抵扣租金就可能构成违约。

2. 双方协商一致：

   • 即使合同中没有明确约定，如果承租人提出装修并抵扣租金的方案，出租人表示同意，那么双方可以通过补充协议的形式确认这一安排，此时也是合法的。
   • 但如果出租人不同意，承租人则不能擅自进行装修并抵扣租金，否则可能面临出租人的索赔或要求恢复原状等法律后果。

3. 装修的性质和影响：

   • 承租人在装修时，应确保装修不会改变房屋的结构或影响房屋的安全使用。如果装修造成了房屋损坏或影响了出租人的其他权益，出租人有权要求承租人承担赔偿责任。
   • 此外，如果装修增加了房屋的价值或改善了居住条件，出租人也可能在租赁期满后要求承租人恢复原状或支付相应的补偿费用。

法律建议：

• 明确合同条款：在签订租赁合同时，双方应明确约定装修的相关事宜，包括是否可以装修、装修的范围和标准、装修费用的承担方式以及是否可以抵扣租金等。
• 及时沟通协商：如果承租人有装修并抵扣租金的意愿，应及时与出租人进行沟通协商，达成一致意见后再进行装修。
• 遵守法律法规：在装修过程中，承租人应遵守相关的法律法规和规章制度，确保装修的合法性和安全性。

可能后果：

• 如果承租人未经出租人同意擅自装修并抵扣租金，可能面临出租人的索赔、要求恢复原状或解除租赁合同等法律后果。
• 如果装修造成了房屋损坏或影响了出租人的其他权益，承租人还可能需要承担相应的赔偿责任。

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