结论：合同到期后乙方将在甲方土地上建筑的房屋厂房出卖给第三方是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论。

分析：

1. 若房屋厂房所有权归甲方：

   • 在大多数情况下，如果乙方在甲方的土地上建造房屋厂房，且双方合同中明确约定房屋厂房的所有权归甲方，或者根据法律规定（如添附原则）房屋厂房应归甲方所有，那么乙方在合同到期后是无权将房屋厂房出卖给第三方的。
   • 法律依据：根据《民法典》中关于物权的规定，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。乙方若非所有权人，则无处分权，其出卖行为可能构成无权处分，甲方有权追回房屋厂房或要求乙方承担赔偿责任。

2. 若房屋厂房所有权归乙方：

   • 如果双方合同中明确约定房屋厂房的所有权归乙方，或者根据双方约定及实际情况（如乙方出资建造且甲方同意）可以认定房屋厂房归乙方所有，那么乙方在合同到期后是有权将房屋厂房出卖给第三方的。
   • 但需注意：即使房屋厂房归乙方所有，乙方在出卖时也需要确保不违反与甲方的其他约定（如土地使用期限、土地用途等），且需要办理相关的产权过户手续，以确保交易的合法性和有效性。

3. 合同到期后的处理约定：

   • 双方合同中可能对合同到期后房屋厂房的处理有明确约定，如乙方需拆除房屋厂房、恢复土地原状，或者甲方有权以一定价格购买房屋厂房等。如果合同中有此类约定，乙方应遵守约定，不得擅自出卖房屋厂房。
   • 法律依据：根据《民法典》中关于合同的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。乙方若违反合同约定出卖房屋厂房，可能构成违约，需要承担违约责任。

4. 第三方善意取得的情况：

   • 如果乙方擅自将房屋厂房出卖给第三方，且第三方在购买时是善意的（即不知道且不应知道乙方无处分权）、支付了合理对价，并已经办理了产权过户手续，那么第三方可能构成善意取得，取得房屋厂房的所有权。
   • 法律依据：根据《民法典》中关于善意取得的规定，无处分权人将不动产或者动产转让给受让人的，所有权人有权追回；但是，受让人受让该不动产或者动产时是善意的，且以合理的价格转让，并且已经登记的，受让人取得该不动产或者动产的所有权。

建议：

• 对于甲方而言，如果发现乙方擅自出卖房屋厂房，应及时与乙方沟通，要求其停止出卖行为并承担相应责任；如果无法协商解决，可以向法院提起诉讼，要求确认乙方的出卖行为无效或要求乙方承担赔偿责任。
• 对于乙方而言，在出卖房屋厂房前应确保自己有权处分，并遵守与甲方的合同约定；如果无法确定自己是否有权处分或合同中有相关限制，建议咨询专业律师以避免法律风险。
• 对于第三方而言，在购买房屋厂房前应仔细审查乙方的处分权及合同约定，确保交易合法有效；如果可能涉及善意取得的情况，建议咨询专业律师以了解自己的权利和义务。

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