结论：民办非企业单位应当依法办理注销但未办理的，法院通常不会直接认定该组织为有效，而是会结合具体情况判断其法律状态及责任承担。以下从不同角度详细分析：
一、法律状态判断
注销登记的效力：
- 根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》等相关规定，民办非企业单位终止时，应当依法进行清算，并到登记管理机关办理注销登记。注销登记是民办非企业单位终止法律人格的必要程序。
- 若民办非企业单位未依法办理注销登记，其法律人格并未正式终止，但可能因未履行法定程序而面临行政处罚或其他法律责任。
法院对组织有效性的认定：
- 法院在判断民办非企业单位是否有效时，会综合考虑其是否依法成立、是否持续履行法定义务、是否存在违法违规行为等因素。
- 仅凭未办理注销登记这一事实，法院通常不会直接认定该组织为有效或无效，而是会结合其他证据和事实进行综合判断。
二、责任承担
行政责任：
- 民办非企业单位未依法办理注销登记的，登记管理机关有权责令其限期改正；逾期不改正的，可能面临吊销登记证书等行政处罚。
民事责任：
- 若民办非企业单位在未办理注销登记的情况下继续开展活动，并因此造成他人损害的，可能需承担相应的民事赔偿责任。
- 此外，若该组织存在未清算的债务或财产纠纷，相关责任人也可能需承担个人责任。
刑事责任（极端情况下）：
- 在极少数情况下，若民办非企业单位未办理注销登记且存在严重违法违规行为（如诈骗、非法集资等），相关责任人可能面临刑事责任的追究。
三、实务建议
及时办理注销登记：
- 民办非企业单位在终止时，应尽快依法进行清算并办理注销登记，以避免不必要的法律风险和责任。
保留相关证据：
- 在办理注销登记过程中，应妥善保留清算报告、注销申请书、登记管理机关的批复等相关证据，以备不时之需。
咨询专业律师：
- 若对注销登记程序或相关法律责任存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保合法合规地处理相关事宜。
进一步思考：民办非企业单位未依法办理注销登记可能涉及多个法律领域的问题，包括行政法、民法和刑法等。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种法律因素，并寻求专业法律意见以确保合法合规。若您有具体案例或进一步疑问，欢迎直接向我咨询。